ECOLE-CHERCHEURS

GENOMIQUE ET DIVERSITE DES CARACTERES A DETERMINISME COMPLEXE

Programme des ateliers

Les ateliers ont pour but de se familiariser à l'utilisation d'un outil ou d'une méthode d'analyse, en faisant appel à des logiciels dédiés. Ils sont aussi l'occasion d'échanger, entre chercheurs, sur les questions relatives aux méthodes ou aux outils, à partir d'exemples concrets. Ces ateliers constituent une expérience pédagogique. Ils se dérouleront de façon assez informelle.

Les personnes qui ont accepté d'animer les ateliers sont des chercheurs expérimentés dans le domaine. Ils apporteront des jeux de données choisis et leur expérience, mais les ateliers ne pourront fonctionner que grâce à la participation de chacun.

Dans le programme de l'école, il y aura 3 séances d'ateliers de 2h30. A chaque séance, 5 ou 6 ateliers se dérouleront en parallèle, sur 5 ou 6 thèmes différents. Chaque atelier regroupera une vingtaine de participants. L'inscription aux ateliers se fera sur place.

Les participant sont invités à venir avec leur ordinateur portable, et à télécharger à l'avance les logiciels qu'ils utiliseront. Les adresses de téléchargement des logiciels sont détaillées ci-dessous. Certaines licences ont été envoyées aux participants par e-mail. Il y aura aussi une connexion internet sur le site de l'école.

Plusieurs ateliers nécessitent le logiciel R, il est en téléchargement à l'adresse : http://www.r-project.org/

Pour installer une librairie dans le logiciel R (exemple, librairie qtl)
    - Ouvrir le logiciel
    - Dans la fenêtre de contrôle, après le symbole « > », taper install.packages(« qtl »)
    - Suivre les instructions
    - On peut ensuite ouvrir la librairie grâce à la commande : library(qtl)

Ci-dessous, un petit tutoriel d'introduction au logiciel R, avec un fichier de données.
Tutoriel_R.pdf, tutoriel_R.R, cinetik.txt

1. Détection de QTL et sélection assistée par marqueurs

qtl1 : Détection de QTL dans des populations inbred et outbred avec le logiciel MapQTL
Thierry Marcel, Charles-Eric Durel, Mathilde Causse, Dominique de Vienne
        MapQTL (adresse de téléchargement et licence envoyée par e-mail)

qtl2 : Détection de QTL avec le logiciel R-QTl, discussion sur les méthodes
Mathilde Causse, Christine Dillmann, Charles-Eric Durel, Dominique de Vienne
        R + librairie "qtl"

qtl3 : Sélection Assistée par Marqueurs : présentation du logiciel OptiMAS.
Fabio Valente, Alain Charcosset
        OptiMAS en démonstration

2. Génétique d'association

ga1 : Approche régions candidates. Prise en en compte de la structure des populations et de l'apparentement. Exemple du maïs et des populations humaines.
Alain Charcosset, Sophie Bouchet, Catherine Bourgain
        Tassel http://www.maizegenetics.net/
        R + librairie "ASReml" (licence envoyée par mail) + "lmekin"

ga2 : Approche régions candidates. Prise en en compte de la structure des populations et de l'apparentement. Exemples des populations humaines et du maïs
Audrey Sabbagh, Alain Charcosset, Catherine Bourgain
        Tassel
        R + librairie "ASReml" (licence envoyée par mail) + "lmekin"

ga3 : Approches "whole genome". Traitement des haplotypes.
Bertrand Servin, Catherine Bourgain, Audrey Sabbagh
        R
        plink http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/
        bimbam pour Mac et Linux http://www.bcm.edu/cnrc/mcmcmc/bimbam
        bimbam pour Windows
http://snp.toulouse.inra.fr/~servin/index.cgi/BimBamWin
        fbat http://www.biostat.harvard.edu/~fbat/fbat.htm

3. Structure des populations

st1 : Mesures classiques, Fst, Fis, isolement par la distance. Logiciel Arlequin.
Guillaume Laval, Bertrand Servin
        Arlequin V3 http://cmpg.unibe.ch/software/arlequin3/
        Simcoal 2 http://cmpg.unibe.ch/software/simcoal2/

st2 : Logiciel Structure.
Magali San Cristobal, Bertrand Servin
        Structure http://pritch.bsd.uchicago.edu/structure.html

st3 : Logiciel Structure.
Magali San Cristobal
        Structure http://pritch.bsd.uchicago.edu/structure.html

4. Fouille de données génomique

fo1 : Approches descriptives multivariées, ACP, AFD, ACM, clustering, ....
Christine Dillmann, Magali San Christobal, Christophe Giraud
        R + librairies "ade4","adegenet", "FactoMineR"

fo2 : Détecter la sélection naturelle dans un contexte génome entier (données génomique humaine. ex. HapMap, Perlegen + 1000 génomes)
Guillaume Laval
        Perl http://www.perl.org/
        Scripts d'analyse fournis sur place

fo3 : Approches descriptives multivariées, ACP, AFD, ACM, clustering, ....
Christine Dillmann, Christophe Giraud
        R + librairies "ade4","adegenet", "FactoMineR"

5. Intégration donnes génétique et génomique

int1 : Comment intégrer des information de cartographie génétique, de séquençage, et d'annotation des génomes. Bases de données et logiciel BioMercator. Exemples du maïs et du blé.
Johann Joets, Pierre Sourdille
        BioMercator en démonstration
        Votre tableur préféré

int2 : Comment intégrer des information de cartographie génétique, de séquençage, et d'annotation des génomes. Bases de données et logiciel BioMercator. Exemples du maïs et du blé.
Johann Joets, Pierre Sourdille
        BioMercator en démonstration
        Votre tableur préféré

int3 : Comment intégrer des information de cartographie génétique, de séquençage, et d'annotation des génomes. Bases de données et logiciel BioMercator. Exemples du maïs et du blé.
Johann Joets, Pierre Sourdille
        BioMercator en démonstration
        Votre tableur préféré

6. Plans d'expériences

plan1 : Modèle linéaire, répétitions, blocs incomplets, exemples en agronomie et en protéomique
Olivier David, Stéphane Robin
        R + librairies "agricolae" et "AlgDesign"

        Et les documents suivants : PlanEssaiVarietal.pdf et PlanProteome.doc

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Contact : Alice Vettoretti - alice.vettoretti@moulon.inra.fr - tél. 06 89 94 12 58 ou 09 52 75 55 16