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Publication director :
Olivier Martin

Editorial manager :
Rozenn Le Guyader

Webmaster :
Thierry Balliau

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Offre de stage de 6 mois, niveau M2 : "Étude de la performance des méthodes d’inférence de réseau et de clustering pour des communautés microbiennes ayant une faible richesse spécifique - Application a des communautés microbiennes des aliments fermentés"

  • Durée : 6 mois
  • Gratification : environ 550 €/mois
  • Lieu du stage : UMR Génétique Quantitative et Évolution – Le Moulon, 91190 Gif-sur-Yvette
  • Encadrement : Judith Legrand et Mélina Gallopin (Université Paris-Sud), Delphine Sicard (INRA, Montpellier)

> Le sujet

La fermentation est impliquée dans la transformation de  nombreux aliments comme le fromage, le  vin, les  yaourts ou  le  pain. Elle  implique des  communautés de micro-organismes comprenant différentes espèces de champignons et de bactéries. Pour comprendre les assemblages d’espèces dans ces communautés et les relier aux pratiques de fabrication des produits, on peut documenter la diversité des espèces dans les communautés et étudier la structure des réseaux de co-occurrences des espèces.

Plusieurs études ont  montré que dans les produits fermentés, chaque communauté est souvent composée d’un nombre limité d’espèces mais, pour chaque type de  produit fermenté, le nombre d’espèces trouvées sur l’ensemble des communautés étudiées peut être assez important.

Les nombreuses  méthodes d’inférence de réseau ainsi que les méthodes permettant d’étudier la  structure des communautés et de tester leur relation avec des  variables décrivant l’environnement (le type de produit fermenté, la géographie, les pratiques) ont été testées et comparées pour des  communautés comprenant un assez grand nombre d’espèces. Ces études ont  montré que  la puissance de ces méthodes dépend de la qualité de l’échantillon ainsi que de la taille et de la structure des réseaux. Il est donc nécessaire d’évaluer ces méthodes pour des données et des réseaux comparables à ceux que l’on peut observer pour les produits fermentés.

Nous  recherchons un(e) étudiant(e) intéressé(e) par cette problématique ayant des compétences solides en statistiques pour effectuer un stage de 6 mois (niveau M2, stage de  fin  d’étude) en 2019.  L’objectif  du  stage sera de choisir un  sous-ensemble de ces méthodes  (notamment  celles qui sont déjà implémentées dans  R) et d’évaluer leur puissance  sur  des données  simulées, comparables  à celles que l’on peut obtenir en étudiant des communautés fermentaires.

Les résultats de ce stage permettront de poursuivre notre étude des communautés microbiennes des produits alimentaires fermentés et à plus long terme, de proposer des consortiums d’espèces qui pourraient améliorer la fermentation et les propriétés organoleptiques des produits.

> Pour candidater : Envoyer CV et lettre de motivation à This e-mail address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it et This e-mail address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it