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Les logiciels et outils bioinformatiques développés à GQE - Moulon

page en cours de publication - 20/07/17

 

arrow BioMercator

Intégration de cartes génétiques et méta-analyses de QTL

Développé par ABI, en collaboration avec l'équipe GQMS

Descriptif version 3 - Téléchargements

arrow CODA (CrossOver Distribution Analyzer)

Le logiciel CODA utilise les deux plus récents modèles mathématiques de répartition des crossovers méiotiques (incluant l'existence d'une deuxième voie de formation de crossovers non interférents) pour caractériser l'intensité de l'interférence et la proportion de crossovers issus de la voie non interférente à partir de données de position de foyers MLH1, de nodules tardifs de recombinaison, ou de données de ségrégation utilisées en cartographie génétique.

Développé par des membres de l'équipe RAMDAM.

Descriptif - Téléchargements

arrow IRILmap_v1_1

IRILmap : Linkage map distance conversion software for Intermated Recombinant Inbred Lines "IRILmap.exe" was compiled to run on Windows-based platforms. The perl script "RIL2IRIL" is also included in the package, to perform similar distance conversions from UNIX or LINUX shell. This script reads no file, but accepts one input distance value as argument and returns the converted distance. It is then easy to embed in any shell, perl, or other type application.

Descriptif - Document license - Download - Details

arrow OptiMAS

Outil d'aide à la décision pour des projets de sélection assistée par marqueurs (SAM).

Développé par l'équipe GQMS

Lien vers le site web de l'outil

arrow PROTICdb

Base de données dédiée au stockage et à l'analyse de données de protéomiques (gels 2D, identification de protéines, ...)

Développée par PAPPSO

Voir l'ensemble des outils bioinformatiques développés par la plateforme PAPPSO pour l'analyse de données protéomiques.

arrow SHiNeMaS

SHiNeMaS

Base de données dédiée à la gestion de l'histoire de lots de semences

Développée par ABI, en collaboration avec l'équipe DEAP

Descriptif

arrowThaliadb

Base de données dédiée à la génétique d'association

DescriptifTéléchargement

Développée par ABI, en collaboration avec l'équipe GQMS