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Publication

2012

Publications in refereed journals

  • Acevedo, F., Rubilar, M., Shene, C., Navarrete, P., Romero, F., Rabert, C., Jolivet, P., Valot, B. , Chardot, T. (2012) Seed oil bodies from Gevuina avellana and Madia sativa. J Agric Food Chem, 60 6994–7004.
  • Ainouche, A., Bétermier, M., Chandler, M., Cordaux, R., Cristofari, G., Deragon, J.-M., Lesage, P., Panaud, O., Quesneville, H., Vaury, C., Vieira, C. , Vitte, C. (2012) International Congress on Transposable Elements (ICTE) 2012 in Saint Malo and the sea of TE stories. Mob DNA, 3 17.
  • Allard, V., Veisz, O., Kõszegi, B., Rousset, M., Le Gouis, J. , Martre, P. (2012) The quantitative response of wheat vernalization to environmental variables indicates that vernalization is not a response to cold temperature. J Exp Bot, 63 847–857.
  • Amiour, N., Imbaud, S., Clément, G., Agier, N., Zivy, M., Valot, B., Balliau, T., Armengaud, P., Quilleré, I., Cañas, R., Tercet-Laforgue, T., Hirel, B. (2012) The use of metabolomics integrated with transcriptomic and proteomic studies for identifying key steps involved in the control of nitrogen metabolism in crops such as maize. J. Exp. Bot., 63 5017–5033.
  • Arc, E., Chibani, K., Grappin, P., Jullien, M., Godin, B., Cueff, G., Valot, B., Balliau, T., Job, D. , Rajjou, L. (2012) Cold Stratification and Exogenous Nitrates Entail Similar Functional Proteome Adjustments during Arabidopsis Seed Dormancy Release. J Proteome Res, 11 5418–5432.
  • Ashfield T., Egan A. N., Pfeil B. E., Chen N. W., Podicheti R., Ratnaparkhe M. B., Ameline-Torregrosa C., Denny R., Cannon S., Doyle J. J., Geffroy V., Roe B. A., Saghai Maroof M. A., Young N. D., Innes R. W. (2012) Evolution of a complex disease resistance gene cluster in diploid Phaseolus and tetraploid Glycine. Plant Physiol, 159 (1) 336-54.
  • Blein-Nicolas, M., Xu, H., de Vienne, D., Giraud, C., Huet, S. , Zivy, M. (2012) Including shared peptides for estimating protein abundances: A significant improvement for quantitative proteomics. Proteomics, 12 2797–2801.
  • Bonhomme, L., Valot, B., Tardieu, F. , Zivy, M. (2012) Phosphoproteome dynamics upon changes in plant water status reveal early events associated with rapid growth adjustment in maize leaves. Mol Cell Proteomics, 11 957–972.
  • Bonneuil, C., Goffaux, R., Bonnin, I., Montalent, P., Hamon, C., Balfourier, F. , Goldringer, I. (2012) A new integrative indicator to assess crop genetic diversity. Ecol. Indic. 23 280–289.
  • Cañas, R. A., Quilleré, I., Gallais, A. , Hirel, B. (2012) Can genetic variability for nitrogen metabolism in the developing ear of maize be exploited to improve yield? New Phytol, 194 440–452.
  • Chia, J.-M., Song, C., Bradbury, P. J., Costich, D., de Leon, N., Doebley, J., Elshire, R. J., Gaut, B., Geller, L., Glaubitz, J. C., Gore, M., Guill, K. E., Holland, J., Hufford, M. B., Lai, J., Li, M., Liu, X., Lu, Y., McCombie, R., Nelson, R., Poland, J., Prasanna, B. M., Pyhäjärvi, T., Rong, T., Sekhon, R. S., Sun, Q., Tenaillon, M. I., Tian, F., Wang, J., Xu, X., Zhang, Z., Kaeppler, S. M., Ross-Ibarra, J., McMullen, M. D., Buckler, E. S., Zhang, G., Xu, Y. , Ware, D. (2012) Maize HapMap2 identifies extant variation from a genome in flux.Nat Genet, 44 803–807.
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  • Dawson, J. C., Serpolay, E., Giuliano, S., Schermann, N., Galic, N., Chable, V. , Goldringer, I. (2012) Multi-trait evolution of farmer varieties of bread wheat after cultivation in contrasting organic farming systems in Europe. Genetica, 140 1–17.
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  • Islam, N. M., Jacquemot, M.-P., Coursol, S., Ng, C. K.-Y. (2012) Sphingosine in plants--more riddles from the Sphinx? New Phytol, 193 51–57.
  • Jean, N., Dumont, E., Durrieu, G., Balliau, T., Jamet, J.-L., Personnic, S. , Garnier, C. (2012) Protein expression from zooplankton communities in a metal contaminated NW mediterranean coastal ecosystem. Mar Environ Res, 80 12–26.
  • Larièpe, A., Mangin, B., Jasson, S., Combes, V., Dumas, F., Jamin, P., Lariagon, C., Jolivot, D., Madur, D., Fiévet, J., Gallais, A., Dubreuil, P., Charcosset, A., Moreau, L. (2012) The genetic basis of heterosis: Multiparental quantitative trait loci mapping reveals contrasted levels of apparent overdominance among traits of agronomical interest in maize (Zea mays L.). Genetics, 190 795–811.
  • Le Gouis, J., Bordes, J., Ravel, C., Heumez, E., Faure, S., Praud, S., Galic, N., Remoué, C., Balfourier, F., Allard, V. , Rousset, M. (2012) Genome-wide association analysis to identify chromosomal regions determining components of earliness in wheat. Theor Appl Genet, 124 597–611.
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  • *Mboup, M., Bahri, B., Leconte, M., De Vallavieille-Pope, C., Kaltz, O. , Enjalbert, J. (2012) Genetic structure and local adaptation of European wheat yellow rust populations: The role of temperature-specific adaptation. Evol Appl, 5 341–352.
  • Nicolas S. D., Monod H., Eber F., Chevre A. M., Jenczewski E. (2012) Non-random distribution of extensive chromosome rearrangements in Brassica napus depends on genome organization. Plant J, 70 (4) 691-703.
  • Ng, C. K.-Y., Coursol, S. (2012) New insights into phospholipase d and sphingosine kinase activation in Arabidopsis. Front Physiol, 3 67.
  • Rincent, R., Laloë, D., Nicolas, S., Altmann, T., Brunel, D., Revilla, P., Rodríguez, V. M., Moreno-Gonzalez, J., Melchinger, A., Bauer, E., Schoen, C.-C., Meyer, N., Giauffret, C., Bauland, C., Jamin, P., Laborde, J., Monod, H., Flament, P., Charcosset, A. , Moreau, L. (2012) Maximizing the reliability of genomic selection by optimizing the calibration set of reference individuals: Comparison of methods in two diverse groups of maize inbreds (Zea mays L.). Genetics, 192 715–728.
  • Sosnowski, O., Charcosset, A. , Joets, J. (2012) BioMercator V3: An upgrade of genetic map compilation and quantitative trait loci meta-analysis algorithms. Bioinformatics, 28 2082–2083.
  • Thomas, M., Demeulenaere, E., Dawson, J. C., Khan, A. R., Galic, N., Jouanne-Pin, S., Remoue, C., Bonneuil, C. , Goldringer, I. (2012) On-farm dynamic management of genetic diversity: The impact of seed diffusions and seed saving practices on a population-variety of bread wheat. Evol. Appl. 5(8): 779-795
  • Till-Bottraud, I., Gouyon, P.-H., Ressayre, A. , Godelle, B. (2012) Gametophytic vs. sporophytic control of pollen aperture number: A generational conflict. Theor Popul Biol, 82 147–157.
  • Truntzler, M., Ranc, N., Sawkins, M. C., Nicolas, S., Manicacci, D., Lespinasse, D., Ribière, V., Galaup, P., Servant, F., Muller, C., Madur, D., Betran, J., Charcosset, A. , Moreau, L. (2012) Diversity and linkage disequilibrium features in a composite public/private dent maize panel: Consequences for association genetics as evaluated from a case study using flowering time. Theor Appl Genet, 125 731–747.
  • *de Vallavieille-Pope, C., Ali, S., Leconte, M., Enjalbert, J., Delos, M. , Rouzet, J. (2012) Virulence Dynamics and Regional Structuring of Puccinia striiformis f. sp tritici in France Between 1984 and 2009. Plant Dis, 96 131–140.
  • Vincent, D., Kohler, A., Claverol, S., Solier, E., Joets, J., Gibon, J., Lebrun, M.-H., Plomion, C., Martin, F. (2012) Secretome of the free-living mycelium from the ectomycorrhizal basidiomycete Laccaria bicolor. J Proteome Res, 11 157–171.
  • Zerjal, T., Rousselet, A., Mhiri, C., Combes, V., Madur, D., Grandbastien, M.-A., Charcosset, A., Tenaillon, M. I. (2012) Maize genetic diversity and association mapping using transposable element insertion polymorphisms. Theor Appl Genet, 124(8):1521-37
 

PhD theses defended in the laboratory

2016

Fustier, M.-A. (2016) Adaptation locale des téosintes Zea mays ssp. parviglumis et ssp. mexicana le long de gradients altitudinaux. PhD Thesis. ED Science du Végétal : du gène à l’écosystème, Université Paris-Sud.

Giraud, H. (2016) Genetic analysis of hybrid value for silage maize in multiparental designs: QTL detection and genomic selection. PhD Thesis. ED ABIES, Université Paris-Sud.

2015

Henry, A. (2015) Modélisation cinétique du métabolisme : construction du modèle, analyse et applications biotechnologiques. PhD thesis. ED Frontières du Vivant, Université Paris-Diderot.

Urien, C. (2015) Diversité des espèces de levures dans des levains naturels français produits à partir de farine issue de l'agriculture biologique : une étude pilote pour analyser les pratiques boulangères et les patterns des communautés microbienne. PhD thesis. ED Structure et Dynamique des Systèmes Vivants, Université Paris-Sud.

2014

da Silva, T. (2014) Exploration du phénomène d’hétérosis chez les deux espèces de levure d’œnologie, Saccharomyces cerevisiae et Saccharomyces uvarum. PhD Thesis. ED Gènes, Génomes, Cellules, Université Paris-Sud.

Martinez-Palacios, P. (2014) Réponse des agents non codants du génome – éléments transposables et petits ARN – à un événement d'allopolyploïdie : le génome du colza (Brassica napus) comme modèle d'étude. PhD thesis. ED  Sciences du Végétal, Université Paris Sud.

Rincent R. (2014) Optimization of association genetics and genomic selection strategies for populations of different diversity levels. Application in maize (Zea mays L.). PhD thesis. ED ABIES, AgroParisTech.

Roy, S. B. (2014) Models of meiotic crossover formation, heterogeneity and inter-pathway cross-talks. PhD thesis. ED Gènes, Génomes, Cellules, Université Paris Sud.

Thépot, S. (2014) Utilisation d'une population multi-parentale et hautement recombinante de blé tendre pour l'étude de l'architecture génétique de la précocité de floraison. PhD thesis. ED Sciences du Végétal, Université Paris Sud.

2013

Bardol, N. (2013) Interest of dense genotyping for selection in multi-parental designs. Comparison of two marker-assisted selection approaches: Genomewide selection and QTL-LDLA based selection. Application in maize (Zea mays L.). PhD thesis. ED ABIES, Université Paris Sud.
Gonçalves, B. (2013) Origine génétique et moléculaire, et rôle adaptatif d'un dimorphisme floral chez Nigella damascena L. PhD thesis. ED SdV, Université Paris Sud.
Khan, Abdul (2013) Short term response of European wheat to contrasted agro-climatic conditions: a genetic analysis and first step towards development of epigenetic markers in earliness gene. PhD thesis. ED SdV, Université Paris Sud.
Khobragade, A. (2013) Combining linkage analysis and association genetics to finely map loci involved in maize grain production and maturation -- Cartographie fine de locus impliqués dans la production et la maturation du grain chez le maïs par une approche conjointe de linkage et de génétique d’association. PhD thesis. ED SdV, Université Paris Sud.

2012

Larièpe, A. (2012) Bases génétiques de la vigueur hybride (hétérosis) chez le maïs (Zea mays L.) : Cartographie de QTL dans un dispositif multiparental et cartographie fine par génétique d’association. PhD thesis. ED SdV, Université Paris Sud.

2011

Durand, E. (2011) Étude des bases (épi)génétiques de l'adaptation dans une expérience de sélection divergente pour la précocité de floraison chez le maïs. PhD thesis. ED sdv Université Paris Sud XI - Orsay.
Sarilar, V. (2011) Dynamique d'activation des éléments transposables au cours de la formation d'un génome allopolyploïde. Modèle d'étude : le colza (Brassica napus). PhD thesis. ED ABIES, AgroParisTech.
Thomas, M. (2011) Gestion dynamique à la ferme de l'agrobiodiversité : relation entre la structure des populations de blé tendre et les pratiques humaines. PhD thesis. ED Frontières du Vivant, Université Paris Diderot. pp273
Truntzler, M. (2011) Identification of loci involved in the variation of quality of silage corn: QTL meta-analysis and association mapping. PhD thesis. ED ABIES, AgroParisTech.
Virlouvet, L. (2011) Identification et caractérisation de gènes impliqués dans la variation de caractères quantitatifs affectés par la sécheresse chez le maïs. PhD thesis. ED SdV, Université Paris Sud XI - Orsay. pp 293

 

2010

Corbi, J. (2010) Sélection et coévolution de gènes paralogues impliqués dans la  synthèse d'amidon au cours de la radiation des angiospermes et chez le maïs, depuis sa domestication. PhD thesis. ED SdV, Université Paris Sud XI - Orsay.
Rousselle, Y. (2010) Rôle de la migration dans le gestion dynamique des ressources génétiques végétales. PhD thesis ED SdV Université Paris Sud XI - Orsay
Sabarly, V. (2010) Structuration de la diversité métabolique chez Escherichia coli : intégration du réseau métabolique, du protéome, des paramètres enzimatiques et des phénotypes de croissance. PhD thesis. ED GGC, Université Paris Sud XI - Orsay.

2009

Spor, A. (2009) Adaptative strategies to contrasted environments in  Saccharaomyces cerevisiae populations. PhD thesis. ED GGC, Université Paris Sud XI - Orsay.
Jabbour, F. (2009)  Homoplasie de la symétrie bilatérale chez les eudicots. Quels rôles de l’architecture florale et du développement ? Quelles bases génétiques ? PhD thesis ED SdV Université Paris Sud XI - Orsay. AgroParisTech.

2008

Rhoné, B. (2008) Etude des mécanismes génétiques impliqués dans l’adaptation climatique de populations expérimentales de Blé tendre. PhD thesis. Institut des Sciences et Industries du Vivant et de l’Environnement - AgroParisTech.

2007

Edelist, C. (2007) Patron de polymorphisme et signature moeculaire de l'adaptation au milieu salin de Helianthus paradoxus. PhD thesis. Université Paris Sud XI - Orsay.

2006

Blanc, G. (2006) Sélection assistée par marqueurs (SAM) dans un dispositif multiparental connecté. Application au maïs et approche par simulations. PhD thesis. INA-PG.
Camus, L. (2006) Evolution génomique du maïs lors de son adaptation aux conditions européennes. PhD thesis. ED Biologie Intégrative.  
Coque, M. (2006) Base génétiques et physiologiques de la remobilisation et de l’absorption post-floraison de l’azote chez le maïs. PhD thesis. INA-PG, école doctorale Abies.
Veyrieras, J.-B. (2006) Etude du déterminisme génétique de caractères quantitatifs chez les végétaux – Méta-analyse et études d’association. PhD thesis. Thèse école doctorale Abies.

 

2005

Albertin, W. (2005) Régulation de l’expression des gènes dupliqués chez les polyploïdes: Approche protéomique appliquée à l’analyse de Brassicacées autoployploïdes et allopolyploïdes. PhD thesis. Thèse de doctorat en sciences de l’Univ Paris-Sud XI.
Raquin, A. (2005) Evolution de la diversité microsatellite dans une population de blé tendre conduite en gestion dynamique: Effets de la mutation, de la dérive et de la sélection. PhD thesis. Ecole Doctorale GGC, Université PXI.

2004

Chardon, F. (2004). Approche génomique de l’induction florale chez le maïs. Doctorat école doctorale ABIES.
Della-Chiesa, E. (2004). Contraintes génomiques et évolution des caracteres quantitatifs. Doctorat de Sciences de l’Université Paris Sud XI - Orsay.
Fiévet, J. (2004). Variabilité du protéome enzymatique et contrôle métabolique : vers un modèle biochimique de l'heterosis, 110 pp. Doctorat de Sciences de l’Université Paris Sud XI - Orsay.

2003

Servin, B. (2003). Méthodes de construction de génotypes assistée par marqueurs. Thèse, Université Paris XI Orsay.
Vincent , D. (2003). Analyse protéomique de la réponse à la sécheresse sur des feuilles de maïs en fonction de la différenciation cellulaire (Orsay: Paris XI), pp. 159.

2000

Consoli, L. (2000). Analyse de la variabilité d'expression et de structure de gènes cibles du facteur de transcription Opaque-2 chez le maïs (Zea mays L.) -Recherche d'associations avec le polymorphisme du locus O2 (Université Paris XI - Orsay), pp. 94.
Lefèvre, A. (2000). Analyse du polymorphisme du gène Opaque-2 chez le maïs (Zea mays L.) et recherche de facteurs génétiques impliqués dans la variation de son transcrit (Université Paris VI), pp. 87.
Rebourg, C. (2000). Diversité génétique de populations européennes et américaines de maïs : analyse moléculaire et morphologique (Université Paris XI - Orsay).



1999

Bost, B. (1999). Analyse de la distribution des effets des gènes dans le cadre d'un modèle métabolique de la variation quantitative (Institut National Agronomique Paris-Grignon), pp. 183.
Enjalbert, J. (1999). Diversité génétique et régime de reproduction de populations de blé tendre ( Triticum aestivum L.) menées en gestion dynamique (Institut National Agronomique Paris-Grignon).
Paillard, S. (1999). Evolution des résistances à différentes maladies dans des populations de blé tendre ( Triticum aestivum L.) menées en gestion dynamique (Institut National Agronomique Paris-Grignon).

1998

Moreau, L. (1998). Contribution méthodologique et expérimentale à la Sélection Assistée par Marqueurs. Application au maïs (Institut National Agronomique Paris-Grignon), pp. 254.
Riccardi, F. (1998). Protéines affectées par la contrainte hydrique chez le maïs (Zea mays L.) : variations quantitatives et identifications (Université Paris XI - Orsay), pp. 96.

1997

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1996

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Gazeau, P. (1996). Variabilité de la réponse à la contrainte hydrique chez le maïs (Zea mays L.) appréciée par électrophorèse bidimensionnelle des protéines (Université Paris XI - Orsay), pp. 102.
Henry, A.-M. (1996). Caractérisation de gènes impliqués dans la variation de caractères quantitatifs chez le maïs (Zea mays L.) : analyse du rôle potentiel de gènes codant pour des facteurs de transcription, et particulièrement du gène Opaque-2 (Université Paris XI - Orsay).

1995

Barré, M. (1995). Diversité génétique du genre Tripsacum, et évolution des complexes agamiques (Institut National Agronomique Paris-Grignon).
Henneschard-Morin, C. (1995). Caractérisation de variants alléliques révélés par électrophorèse bidimensionnelle chez le maïs. In Biochimie industrielle et agro-alimentaire (Paris: C.N.A.M.).
Touzet, P. (1995). Apport de l'électrophorèse bidimensionnelle de protéines dans l'analyse du génome de Zea mays (Institut National Agronomique Paris-Grignon), pp. 82.

1994

Burstin, J. (1994). Comparaison de différents critères moléculaires pour l'analyse de la diversité génétique chez le maïs : application à la prédiction de l'hétérosis (Paris: Institut National Agronomique Paris-Grignon), pp. 86.
Le Boulc'h, V. (1994). Evolution de la résistance à l'oïdium (Erysiphe graminis f. sp. tritici) dans des populations composites de blé tendre (Triticum aestivum L.) menées en gestion dynamique (Université Paris XI - Orsay).
Maurice, A. (1994). Utilisation des marqueurs moléculaires pour l'analyse du déterminisme génétique des caractères complexes et l'optimisation des schémas de sélection chez le maïs (Zea mays L.) (Institut National Agronomique Paris-Grignon), pp. 149.

1993

Goldringer, I. (1993). Optimisation d'un schéma de sélection récurrente à cycle court appliqué au blé tendre d'hiver (Triticum aestivum L.) (Institut National Agronomique Paris-Grignon).
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1992

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David, J. (1992). Approche méthodologique d'une gestion dynamique des ressources génétiques chez le blé tendre (Triticum aestivum L.) (Institut National Agronomique Paris-Grignon).
Dillmann, C. (1992). Organisation de la variabilité génétique chez les plantes : modélisation des effets d'interaction, conséquences pour la réponse à la sélection (Institut National Agronomique Paris-Grignon), pp. 131.
El Madidi, S. (1992). Etude de l'expression et de la variabilité génétique des protéines de choc thermique chez le blé (Université Paris XI - Orsay).
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Garnier-Géré, P. (1992). Contribution à l'étude de la variabilité génétique inter- et intra-population chez le maïs (Zea mays L.) : valorisation d'informations agromorphologiques et enzymatiques (Institut National Agronomique Paris-Grignon).
Gerber, S. (1992). Variabilité des protéines de l'endosperme du pin maritime révélée par électrophorèse bidimensionnelle : interprétations génétiques, cartographie et relation avec des caractères quantitatifs (Institut National Agronomique Paris-Grignon).
Josse, J.-M. (1992). Cartographie génétique de locus affectant des caractères agromorphologiques et liés à l'expression protéique chez le maïs (Zea mays L.) (Université Paris XI - Orsay).
Martin, N. (1992). Investigations sur la transformation du blé (Université Paris XI - Orsay).
Mihamou-Ziyyat, A. (1992). 1- Réaction aux températures élevées du blé tendre (Triticum aestivum L.) au cours de l'androgenèse in vitro et conséquences sur la physiologie des plantes régénérées. 2- Recherche sur les méthodes de production d'haploïdes doublés de blé dur (Triticum durum Desf.) (Université Paris XI - Orsay).
Parisot-Baril, C. (1992). Etude de la stabilité du rendement chez le blé tendre d'hiver Triticum aestivum L. Thell. (Institut National Agronomique Paris-Grignon).
Pham, J.-L. (1992). Evaluation des ressources génétiques des riz cultivés en Afrique par hybridation intra- et interspécifique (Université Paris XI - Orsay).
Pontis, C. (1992). Utilisation de marqueurs génétiques pour le suivi de la variabilité de 3 composites de blé tendre d'hiver (Triticum aestivum L.) menées en gestion dynamique (Institut National Agronomique Paris-Grignon).
Reviron, M.-P. (1992). Caractérisation d'une protéine induite par la contrainte hydrique chez Brassica napus var. oleifera L. (colza) (Université Paris VI), pp. 178.

1991

Bernhart, M.-P. (1991). Contribution à la méthodologie d'introgression chez Zea mays L. : apports de la génétique quantitative et des marqueurs isoenzymatiques (Université Paris XI - Orsay).
Dirlewanger, E. (1991). Recherche de marqueurs moléculaires liés à des gènes de résistance à quatre maladies du pois (Pisum sativum L.) : fusariose, oïdium, anthracnose et mosaïque commune du pois (Université Paris XI - Orsay), pp. 113.

1990

Charcosset, A. (1990). Etude de l'hétérosis chez le maïs (Zea mays L.) : prédiction de la valeur d'hybrides F1 sur la base d'informations agronomiques, biochimiques et moléculaires (Institut National Agronomique Paris-Grignon).
Seguin, M. (1990). Etude de l'hétérozygotie chez le blé tendre par électrophorèse bidimensionnelle des protéines totales et relation avec des caractères agronomiques (Université Paris XI - Orsay), pp. 175.
Senghor, P.T. (1990). Etude de méthodes d'obtention de lignées homozygotes : I. Androgenèse in vitro sur le riz (Oryza sativa L.) : amélioration du rendement par traitement au gamétocide. II. Analyse de la variabilité génétique de deux populations de blé tendre (Triticum aestivum L.) dérivées par haplodiploïdisation in vitro et filiation unipare (Université Paris XI - Orsay).

   
  • Agrawal, G. K., Job, D., Zivy, M., Agrawal, V. P., Bradshaw, R. A., Dunn, M. J., Haynes, P. A., van Wijk, K. J., Kikuchi, S., Renaut, J., Weckwerth, W., Rakwal, R. (2011) Time to articulate a vision for the future of plant proteomics - A global perspective: An initiative for establishing the International Plant Proteomics Organization (INPPO). Proteomics, 11 1559–1568.
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