3. Sélection assistée par marqueurs
L. Moreau, A. Charcosset, R. Bernardo (Pr. Univ Minnesota, 5 months sabbatical in 2004), A. Gallais, G. Blanc,
Soutien : Projets « SAM » puis « SAM-Multiparentale », Coll. PROMAIS
Nous nous sommes attachés à développer en parallèle des travaux théoriques et expérimentaux afin d’évaluer les limites et les potentialités de la sélection assistée par marqueurs (SAM). Nous avons contribué à la rédaction d’une synthèse sur ces aspects sous forme d’un chapitre d’ouvrage (Moreau et al. 2007).
3.1 Sélection assistée par marqueurs dans une population biparentale
Une première étude expérimentale a été conduite sur une population biparentale (Moreau et al. 2004b). Les résultats, ainsi que l’analyse des liaisons marqueurs caractères lors du second cycle de sélection combinée, suggèrent un manque de stabilité des effets des QTL détectés en fonction du fonds génétique et/ou de l’environnement. Des simulations ont permis (1) de tester le gain d'efficacité de la SAM dans le cas où une partie des QTL seraient connus a priori et n’auraient pas besoin d’être détectés (Bernardo et Charcosset 2006) et (2) de montrer qu’il peut être très avantageux de représenter davantage les meilleurs individus lors de l’intercroisement destiné à former la génération suivante (Bernardo et al. 2006). Les autres approches tentées pour prendre en compte la complémentarité entre individus lors de l’intercroisement (choix de couples) n’apportent par contre pas d’amélioration.
3.2 Sélection assistée par marqueurs dans un dispositif multiparental
Nous avons conduit une nouvelle expérience de SAM à partir d’un dispositif multiparental (cf ci-dessus). Contrairement aux résultats obtenus dans le dispositif biparental, nous avons mis en évidence un progrès significatif lors des cycles de sélection sur marqueurs seuls, y compris pour le rendement. Cet intérêt des schémas multiparentaux par rapport aux schémas biparentaux a été confirmé par simulation (Blanc et al. 2008). Ce travail a également permis de reconsidérer dans ce contexte multiparental l’effet du seuil de détection des QTL sur l’efficacité de la SAM et d’étendre les résultats acquis précédemment sur l’optimisation des intercroisements. Enfin, on notera que les familles les plus intéressantes observées dans le programme expérimental ont été confiées à C. Bauland, qui conduit le programme d’innovation variétale maïs pour l’INRA et sa filiale Agri-Obtentions. Des lignées fixées issues de ce matériel ont été distribuées aux professionnels en 2009 en vue de leur utilisation dans des hybrides commercialisés.