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Responsable de publication :
Olivier Martin

Responsable éditoriale :
Rozenn Le Guyader

Administrateur de l'infoservice :
Thierry Balliau

La Plateforme de protéomique PAPPSO (Plate-forme d'Analyse Protéomique de Paris Sud-Ouest), commune aux centres Inra de Versailles-Grignon et Jouy-en-Josas, développe des logiciels open source, entièrement libres et gratuits dont le rayonnement s’accroît progressivement en France et à l'étranger.

 

PAPPSO a récemment organisé un atelier de 4 jours qui a fait le plein de participants à deux reprises : fin 2016 et début 2017. Ce sont respectivement 26 et 24 personnes venant de toute la France qui sont venues s'initier au fonctionnement des différents outils bioinformatiques proposés par PAPPSO. Une part du public était constituée d’ingénieurs et de techniciens issus de différentes plateformes franciliennes. Une enquête montre que le taux de satisfaction est très élevé pour cet atelier désormais parfaitement rodé.

delimitation of phosophoisalndsParallèlement à ce succès, la réputation des outils de PAPPSO atteint l’échelle internationale : un chercheur américain cite X!TandemPipeline sur son blog comme « une stratégie réellement futée pour grouper les phosphopeptides », un commentaire de protéomiste heureux d’avoir trouvé un outil adapté à ses données ! Le blog fait référence à l’article publié par PAPPSO dans la revue Journal of Proteome Research fin 2016 :

X!TandemPipeline: a tool to manage sequence redundancy for protein inference and phosphosite identification

Olivier Langella1, Benoît Valot2, Thierry Balliau1, Mélisande Blein-Nicolas1, Ludovic Bonhomme3 and Michel Zivy1*
1
PAPPSO, GQE - Le Moulon, INRA, Univ. Paris-Sud, CNRS, AgroParisTech, Université Paris-Saclay, 91190, Gif-sur-Yvette, France
J Proteome Res, Ahead of print 19/12/16. DOI 10.1021/acs.jproteome.6b00632

X!TandemPipeline est un logiciel interactif qui permet d’exploiter les données de spectrométrie de masse pour l’identification des protéines et des phosphopeptides. Il permet à la fois de lancer le moteur de recherche X!Tandem pour l’interrogation des bases de données de séquences et de traiter les questions de redondance liées à l’existence de peptides communs à plusieurs protéines et au fait que des phosphopeptides différents peuvent marquer un même phosphosite. Il utilise des algorithmes de regroupement basés sur le principe de parcimonie pour produire la liste minimale des protéines ou des phosphosites présents dans les échantillons analysés. Il est adapté au haut débit : c'est, à ce jour, le seul logiciel de ce type capable de traiter en batch et dans des temps très courts plusieurs centaines d'échantillons complexes analysés par spectrométrie de masse à haute résolution.

logo de X!TandemPipelineLes résultats d'X!TandemPipeline peuvent être exportés sous forme de fichiers tabulés prêts à l'emploi. Ils peuvent également être intégrés dans la base de données PROTICdb et utilisés par le logiciel de quantification MassChroQ, tous deux développés par PAPPSO et également adaptés au haut débit.

Aujourd’hui, X!TandemPipeline a séduit plus d’une cinquantaine d’utilisateurs, plateformes ou chercheurs individuels, en France et à l’international. Nul doute que la publication de cet article va accroître son utilisation.

 

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