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Responsable de publication :
Olivier Martin

Responsable éditoriale :
Rozenn Le Guyader

Administrateur de l'infoservice :
Thierry Balliau

SHiNeMaS, la base de données conçue pour (et avec) le Réseau Semences Paysannes par les équipes ABI et DEAP, est disponible au téléchargement

Depuis 2003, Isabelle Goldringer et son équipe (DEAP)  collaborent avec le Réseau Semences Paysannes (RSP) dans des projets visant à étudier les pratiques de gestion et de sélection des paysans du RSP et à mettre au point des méthodes de sélection de variétés de blé adaptées à l’agriculture biologique (AB). Ces projets de recherche impliquent de nombreux acteurs, produisent des données en quantités importantes et de natures diverses. Aussi depuis 2010, l’Atelier de Bioinformatique et Informatique (ABI) développe, en lien avec DEAP et le RSP, une base de données et son interface Web : SHiNeMaS (Seeds History and Network Management System).

Cet outil a pour but de répondre aux besoins des équipes de recherche mais aussi des animateurs et paysans des différentes associations du RSP pour la gestion de ces données.

SHiNeMaS permet de retracer l’histoire des lots de semences [Figure] (reproduction aux champs, sélection intra-lot de graines, croisement entre deux parents ou mélange de lots de semences, diffusion des semences entre deux lieux). À chaque étape de vie du lot de semences, des mesures peuvent être faites et les données associées à cette étape ou aux lots de semences. Dans le cas des essais en champs ces données peuvent être globales (à l’échelle d’une parcelle) ou individuelles (à l’échelle de la plante).

 

Réseau retraçant l'histoire de lots de semences

Figure : Réseau retraçant l'histoire de lots de semences à partir des données de SHiNeMaS avec le package PPBstats

Le chargement des données peut être réalisé à l’aide de fichiers au format texte tabulés. SHiNeMaS propose également de nombreuses interfaces pour administrer les données (création, modification, suppression).

D’autres interfaces permettent de réaliser des requêtes sur les données saisies dans la base afin de connaître l’état de stock des lots de semences, qui possède telle ou telle variété, quelles mesures ont été réalisées, ou reconstruire l’historique du lot de semences. Chaque variété, chaque lot de semences et chaque événement possède sa propre fiche descriptive.

La version 1.0 de SHiNeMaS est aujourd’hui disponible en téléchargement et distribuée sous la licence libre Affero GPL. Afin de découvrir l’application une vidéo permet d’explorer les différentes interfaces de requête de SHiNeMaS. Pour prendre en main l’outil un tutoriel existe également. Il peut être réalisé au travers d’une machine virtuelle dont l’installation et l’utilisation sont décrites ici.

Auteurs : Yannick de Oliveira, Delphine Steinbach, de nombreux stagiaires de M2 sont venus collaborer aux développements : Darkawi Madi (2012), Marie Lefebvre et Laura Burlot (2014), Alice Beaugrand et Aichatou Aboubacar (2016), Eva Decaux et Mélanie Polart-Donat (2017).

Les collaborateurs : Pierre Rivière (RSP), Mathieu Thomas (CIRAD), Gaelle van Frank, Isabelle Goldringer, Sophie Pin, Jérôme Enjalbert et Julie Dawson (DEAP).