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Responsable de publication :
Olivier Martin

Responsable éditoriale :
Rozenn Le Guyader

Administrateur de l'infoservice :
Thierry Balliau

Amandine Cornille propose un stage de M2 sur le thème : "Histoire de la domestication du pommier cultivé (Malus domestica) : contribution des espèces sauvages du Caucase et d’Asie Centrale ?"

English version

Contexte scientifique

La pomme, l'une des cultures fruitières les plus omniprésentes et culturellement importantes des régions tempérées, nous offre une occasion unique d'étudier le processus de domestication chez les arbres.
Le nombre et l'identité des progéniteurs du pommier domestiqué (Malus domestica) ont récemment été révélés par l’utilisation de marqueurs microsatellites. On sait maintenant que le pommier tient son origine d’Asie Centrale à partir du pommier sauvage local, Malus sieversii, et a ensuite subi une diversification récente en Europe via des introgressions secondaires par l’espèce sauvage locale, le pommier sauvage européen, M. sylvestris (Cornille et al 2012). Cependant des hypothèses suggèrent aussi une contribution d’autres espèces sauvages présentes le long des Routes de la Soie liant l’Asie et l’Europe depuis les 10000 dernières années. En particulier, le pommier sauvage Caucasien, M. orientalis, et le pommier de Nedzvetsky, M. niedzwetzkyana, ont pu contribuer au génome des pommiers cultivés méditerranéens et caucasiens.

Projet de recherche

En utilisant des marqueurs génétiques à évolution rapide (microsatellites) amplifiés sur une collection de plus de 3000 échantillons de pommiers sauvages et cultivés d’Eurasie, le but de ce stage sera d’inférer l'histoire évolutive récente du pommier cultivé. En particulier, il s’agira de se concentrer sur le rôle du pommier sauvage caucasien et du pommier de Nedzvetsky durant la domestication du pommier cultivé dans le Bassin Méditerranéen et le Caucase.

Approche méthodologique

Le stagiaire utilisera des outils de génétique des populations (diversité génétique et structuration des populations) et réalisera des inférences démographiques et historiques sur la domestication du pommier cultivé à l’aide d’approches de coalescence (Approximate Bayesian Computation, Csilléry 2010). Selon l’avancement du stagiaire durant les 6 mois, il pourra aussi commencer à explorer un jeu de données de génomes de pommiers cultivés et sauvages; ce travail s’ouvre sur une thèse qui commencerait dès octobre 2019.

Le stage

Niveau Master 2 recherche, 6 mois en 2019. La date de début est flexible, à partir de janvier 2019. Gratification : env. 500 €/mois.

Le stage se déroulera dans l'UMR Génétique Quantitative et Évolution - Le Moulon, Ferme du Moulon à Gif-sur-Yvette, sur le plateau de Saclay.

Contact

Cette adresse email est protégée contre les robots des spammeurs, vous devez activer Javascript pour la voir. - Chargée de Recherche CNRS

Twitter: @CornilleAmand - Google Scholar - Page personnelle

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Amandine Cornille is  proposing a Master 2 project (6 months, 2019) in her lab at Université Paris Saclay (France) on the reconstruction of the domestication history of the apple using population genetics approaches and demographic inferences.

Title: "Reconstructing apple tree domestication: on the contribution of Caucasian and Central Asian wild species"

Summary

The role of gene flow during adaptation still remains little understood. Domestication is a relevant model for investigating such question because of the weak reproductive barriers that imply recurrent crop-wild gene flow. Our recent results showed an initial domestication of the cultivated apple from the Central Asian wild apple (Malus sieversii) followed by a substantial contribution of the European wild apple (M. sylvestris) to the cultivated apple genome (Cornille et al. 2012 Plos Genetics) by recent wild-to-crop introgressions. Yet, the contribution of other wild apple species (Caucasian and Central Asian) present along the Silk Roads has been suggested (Cornille et al. 2014 Trends in Genetics).

The student will use a unique collection of 3,000 wild and cultivated apple samples genotyped for 26 microsatellite markers to quantify the contribution of additional wild species present along the Silk Routes and the extent of wild-to-crop gene flow in the apple system. This unique collection of samples including additional wild species and local cultivars along the Silk Routes compared to our previous work (Cornille et al. 2012 PloS Genetics), that will make it possible to reconstruct the full domestication history of the apple and will bring new insights into domestication of perennials (Cornille et al. 2014 Trends in Genetics).

The Master 2 student will have the opportunity to pursue a PhD project starting in fall 2019 on the adaptive genomics of apple domestication, using whole genomes.  This ambitious project will yield unprecedented insights into the genomic process of adaptation, introducing to the international research community the apple tree as a unique model, with a recent history of gene flow and selection triggered by humans, with fundamental and applied consequences of the findings.

Methodology: population genetic analyses (genetic diversity, population structure and demographic inferences using Approximate Bayesian Computation).

Duration : 6 months, january/feb 2019 – june/july 2019 , starting dates are flexible, contact Amandine CORNILLE for further discussions. Monthly gratification: 500 euros/months.

Profile preferred for the candidate: Ideally, the candidate will have skills in genetics/genomics and evolution and at least will show strong interest in these fields. He/she will not necessarily be familiar with apple models. The Master project will be proposed to the Doctoral School “Science du Végétal” (Paris-Sud Doctoral School) for a PhD project on the genomic basis of apple adaptation during domestication in june 2019.

Supervision:

Cette adresse email est protégée contre les robots des spammeurs, vous devez activer Javascript pour la voir. - Chargée de Recherche CNRS
Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon
Ferme du Moulon 
91190 Gif-­sur‐Yvette, France

Twitter: @CornilleAmand - Google Scholar - Personal page

References

  • Cornille A, Gladieux P, Smulders MJ. et al. (2012) New insight into the history of domesticated apple: secondary contribution of the European wild apple to the genome of cultivated varieties. PLoS Genet, 8, e1002703.
  • Cornille A., Giraud T., Marinus J. M. Smulders, Isabel Roldàn-Ruiz, Gladieux P. The domestication and evolutionary ecology of apples (2014) Trends in Genetics doi:10.1016/j.tig.2013.10.002
  • Csilléry K.,, Blum M.G.B., Gaggiotti O. E., François O. Approximate Bayesian Computation (ABC) in practice. Trends in Ecology & Evolution. (2010) Volume 25, Issue 7Pages 410-418,
  • Beaumont MA, Zhang W, Balding DJ (2002) Approximate Bayesian computation in population genetics. Genetics, 162, 2025–2035.
  • Guillemaud T, Beaumont MA, Ciosi M, Cornuet JM, Estoup A (2009) Inferring introduction routes of invasive species using approximate Bayesian computation on microsatellite data. Heredity, 104, 88–99.