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Responsable de publication :
Olivier Martin

Responsable éditoriale :
Rozenn Le Guyader

Administrateur de l'infoservice :
Thierry Balliau

Équipe DyGAP

Allopolyploïdie et impact sur les éléments non codants du génome : contribution à l’étude de la dynamique évolutive du génome des Brassica

 

> Contact : Karine ALIX (alix_at_moulon.inra.fr)
Philippe Brabant, Catherine Damerval, Pierre Gérard, Agnès Rousselet, Clémentine Vitte

 

Résultats récents

La polyploïdie, ou duplication du génome complet, est reconnue comme ayant joué un rôle majeur dans l’évolution des eucaryotes et en particulier des plantes, dont le succès est souvent associé à des phénomènes d’hybridation interspécifique (allopolyploïdie). Nous développons différents projets de recherche visant à étudier certains des mécanismes moléculaires impliqués dans l’évolution du génome des Brassica, marquée par des événements récurrents de polyploïdisation. Un de ces derniers événements correspond à la formation du colza (B. napus, AACC, 2n=38), espèce allotétraploïde issue de l’hybridation interspécifique entre un navet (B. rapa, AA, 2n=20) et un chou (B. oleracea, CC, 2n=18). Par l’étude d’un matériel végétal original constitué de colzas néo-synthétisés, nous évaluons l’impact de l’allopolyploïdie sur les éléments transposables et les petits ARN non codants, visant à déterminer leur implication dans l’établissement d’un génome allopolyploïde.

Nous avons démontré que l’allopolyploïdie du colza ne présentait qu’un impact modéré sur la restructuration génomique aux sites d’insertion des trois éléments transposables, étudiés pour leurs caractéristiques contrastées au niveau de leur dynamique de réplication, taux d’amplification et localisation dans le génome.

En comparant les séquençages haut débit de banques de petits ARN construites pour les colzas néo-synthétisés et leurs parents diploïdes, nous avons mis en évidence que les petits ARN non codants répondaient de manière immédiate et transitoire au choc génomique engendré par l’allopolyploïdie.

Nos travaux en cours s’intéressent à identifier les composant génomiques ciblés par cette mobilisation immédiate des petits ARN. Parmi eux, certaines familles d’éléments transposables apparaissent comme étant de bons candidats, en accord avec l’hypothèse que le contrôle de leur activité serait nécessaire dans le processus de formation d’un génome allopolyploïde.

 

> Collaborateurs GQE – Le Moulon
Matthieu Falque, Johann Joets

> Collaborations extérieures
Hélène Bergès (CNRGV, Toulouse), Anne-Marie Chèvre (IGEPP, Rennes), Martin Crespi et Christine Lelandais (ISV, Gif-sur-Yvette), Pat Heslop-Harrison (University of Leicester, UK), Eric Jenczewski (IJPB, Versailles), Anne Marmagne (IJPB, Versailles), Mark Tepfer (IJPB, Versailles)

> Où sont-ils maintenant ?

Nadeem KHAN, Postdoctorant Post-doctorant (2009-2010)
Anne MARMAGNE, Ingénieur de Recherche Post-doctorante (2006-2008)
Véronique SARILAR, Postdoctorante Stagiaire M2 (2006), Doctorante (2008-2011)
Marion TAPIE, Responsable du laboratoire de culture in vitro des Pépinières Martaillac
Aurélie VAURIJOUX, Doctorante Stagiaire M2 (2012)
Laëtitia VIRLOUVET, Postdoctorante Post-doctorante (2011)

 

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