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3. Identification de régions et de gènes impliqués dans des caractères d'intérêt

Nous menons des analyses fines de QTL par l'étude de nombreux recombinants ou par génétique d'association.

vgt1 - Nous avons confirmé par génétique d'association l’effet du locus vgt1 sur la précocité de floraison et montré une répartition de l'allèle précoce extrêmement cohérente avec les conditions environnementales locales. Cela confirme le rôle majeur de ce locus dans l’adaptation aux climats tempérés (Ducrocq et al.,  2008, Genetics).

ZmCCT - Un QTL majeur a été localisé à proximité de ZmCCT (170 kb) dans une région hypo-recombinante (Ducrocq et al.,  2009, Genetics) et son effet sur la précocité de floraison a depuis été confirmé par plusieurs groupes. Nous avons aussi montré que la région ZmCCT présente un nombre limité d’haplotypes (beaucoup plus faible que le nombre d’haplotypes pour le locus vgt1). Leurs effets sur la précocité ont été validés en utilisant des collections de matériel quasi-isogénique.

Tga1 et Su1 - Nous avons caractérisé finement une région du chromosome 4 impliquée dans la variation de plusieurs caractères d'intérêt agronomique et dans laquelle sont situés tga1 (gène clé de la domestication du maïs impliqué dans l'organisation de l'épi) et Su1 (gène impliqué dans le métabolisme carboné de la graine) (thèse Khobragade, 2012). Ces deux gènes montrent une réduction forte de la diversité nucléotidique par rapport à la téosinte, indiquant une forte contrainte sélective durant la domestication ou la sélection.

Znc8 et étude genomewide - Les analyses de génétique d’association menées avec la puce 50k SNP ont mis évidence un effet majeur du locus Zcn8 qui correspond très certainement au QTL vgt2 (Bouchet et al., 2013, Plos One). Ce résultat nous permet de progresser dans l’étude de la variabilité pour la date de floraison et d’estimer la contribution de la région vgt1-vgt2 à ce phénomène.