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2. Déterminisme des caractères d'intérêt


2.1 Effet de la liaison sur le déterminisme des caractères. Cartographie fine de QTL

Nous avons utilisé une population de lignées hautement recombinantes pour augmenter la précision  de la cartographie de QTL. Une population F3 classique et une population F3 issue des mêmes parents mais obtenue en intercalant quatre générations d’inter-croisements ont été évaluées agronomiquement. Nous avons montré que :

  • La variance génétique pour le caractère rendement en grain est significativement plus faible dans la population hautement recombinante, ce qui suggère qu’un QTL dans la population classique correspond en général à plusieurs QTL liés en coupling (association entre allèles de même signe) (Huang et al., 2009, Genetics).
  • Cette hypothèse a été validée par cartographie fine d’un des QTL qui a montré que l’effet pléiotrope apparent pour le rendement et la qualité était dû à deux QTL d’effet faible, spécifiques de chacun des caractères (Khobragade et al.  en prép.)

2.2 Analyse de dispositifs à base génétique large. Mise en évidence de séries alléliques

Nous avons contribué au développement du logiciel BioMercator dédié à la méta-analyse de QTL (coll. équipe ABI, Sosnowski et al.  2012, Bioinformatics). Ce logiciel est téléchargeable à l’adresse suivante :

http://moulon.inra.fr/index.php/fr/equipestransversales/atelier-de-bioinformatique/projects/projets/135)

Nous avons utilisé ce logiciel pour réduire l’intervalle de confiance de la position des QTL de la qualité du maïs ensilage (Truntzler et al.  2011, Theor Appl Genet) et de la tolérance au stress hydrique (Welcker et al.  2011, Plant Physiol).

Pour aller plus loin dans la prise en compte de la variabilité allélique, nous avons contribué au développement de nouvelles approches de détection de QTL dans des dispositifs multi-parentaux connectés, en prenant en compte l'identité par descendance de segments chromosomiques des lignées parentales (Bardol et al., 2013, Theor Appl Genet).

 

2.3 Etude de l'hétérosis

Un plan de croisement de plus de 1200 hybrides entre trois populations de lignées recombinantes et leurs lignées parentales a permis d’étudier les bases génétiques de l’hétérosis. Pour le rendement, la plupart des QTL détectés sont localisés dans les régions péri-centromériques et nous avons mis en évidence une superdominance (avantage du génotype hétérozygote par rapport au meilleur homozygote) apparente systématique (Larièpe et al., 2012, Genetics). Ce phénomène est là aussi vraisemblablement lié à la liaison d’allèles dominants à des locus proches, mais cette fois-ci en répulsion (association d’allèles de signe opposé).