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4. Optimisation de la sélection assistée par marqueurs

Après avoir montré  l’intérêt d’appliquer la sélection récurrente assistée par marqueurs à des dispositifs multi-parentaux (Blanc et al. 2006 Theor Appl Genet ; Blanc et al.  2008, Euphytica), nous avons développé le logiciel OptiMAS (Valente et al.,  2013, Journal of Heredity, disponible à l’adresse  http://moulon.inra.fr/optimas/). Ce logiciel est un outil d’aide à la décision qui permet de suivre la transmission des allèles favorables et donc de choisir les meilleurs parents pour obtenir l’idéotype moléculaire souhaité avec un nombre de cycles réduit.

En parallèle, nous avons fortement investi dans l’évaluation et la mise en place d’approches de sélection génomique pour des caractères à déterminisme génétique très complexe. Cette approche consiste à travailler en deux temps 1) génotypage dense et phénotypage d’un sous-ensemble d'individus constituant une population de référence, de façon à construire un modèle de prédiction du phénotype que 2) on applique à la population en cours de sélection. Cette stratégie permet de s’affranchir de l’étape de détection de QTL.

Nous avons montré que, pour un caractère complexe tel que le rendement, l'application de cette approche génomique dans un dispositif multiparental permettait d’obtenir des prédictions plus précises que la sélection assistée par marqueurs basée sur la détection de QTL, (Bardol et al., submitted). L'efficacité de cette stratégie peut être sensiblement améliorée en optimisant l’étape de constitution de la population de référence (Rincent et al., 2013, Genetics). Un script R a été développé afin de choisir les lignées de la population de référence et est disponible sur demande.