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BioMercator V3

BioMercator V3: Un logiciel dédié à la compilation de cartes génétiques et la meta-analyse de QTLs

 

Equipe projet

Olivier Sosnowski (ABI), Yannick de Oliveira (ABI), Laurence Moreau (GQMS), Alain Charcosset (GQMS),

Johann Joets (ABI)



Collaborations

UR AGPF, INRA,  Orléans : Véronique Jorge

UR GI, INRA, Versailles : Dorothée Valdenaire, Erik Kimmel, Delphine Steinbach

UMR BIOGECO, INRA-Université Bordeaux 1, Cestas: Catherine Bodenes, Antoine Kremer

UMR GDEC, INRA-Université Blaise Pascal, Clermont-Ferrand: Jacques Le Gouis

UMR GDPP, INRA-Bordeaux 2, Villenave d'Ornon; Véronique Decroocq

Syngenta Seeds, Saint Sauveur: Florence Louis, Mark Sawkins

Biogemma, Clermont-Ferrand: Frédéric Sapet, Nathalie Rivière

Résumé

Depuis plusieurs années, de nombreux efforts ont été entrepris pour produire des données de génétique et de génomique à grande échelle. Pour tirer pleinement avantage de ces données, différents niveaux d'intégration sont nécessaires. La cartographie des QTLs peut être réalisée sur différentes populations ou lignées pures (F3; RILs etc.). Des méthodes ont été conçues pour construire une carte consensus à partir de carte génétiques et de cartes positionnant les QTLs, rendant ainsi la recherche de co-localisation entre gènes et QTLs plus facile. L'accumulation de QTLs indépendants dans certaines régions de la carte consensus soulève la question du nombre de QTLs sous-jacent. Des méthodes de meta-analyse de QTLs ont été developpées 1) pour prédire le nombre de QTL (metaQTL) représentés par un groupe de QTLs expérimentaux 2) tirer pleinement avantage d'un groupe d'expériences indépendantes pour affiner la position des QTLs. Ces méthodes on été implémentées dans BioMercator v2,1grâce au support de Genoplante et du Generation Challenge Program (GCP).

 

BioMercator v3 inclus de nouveaux algorithmes de compilation de cartes génétiques et de meta-analyses provenant du paquet MetaQTL. Ces nouveaux algorithmes permettent de surpasser certaines limitations. La compilation de cartes génétiques est à présent réalisée en une étape, quelque soit le nobre de cartes à compiler. Il n'existe plus de limitation sur le nombre de metaQTLs dans une analyse. Les QTLs sont associés au metaQTL avec une probabilité. L'interface graphique a été améliorée et offre de nouvelles options d'affichage (représentation compacte de l'information) et des outils de zoom.

 

image BM
Figure 1 : Aperçu des cartes Figure 2 : Comparaison de cartes Figure 3 : zomm sur une carte

 

Télécharger (BioMercatorV3 est disponible gratuitement)

Support: Posez vos question ici

Prochains développements : la prochaine version (disponible fin 2012) offrira un environnement pour intégrer des cartes génétiques accompagnées de séquences génomiques et de leurs annotations.

Références

Olivier Sosnowski, Alain Charcosset and Johann Joets. BioMercator V3: an upgrade of genetic map compilation and QTL meta-analysis algorithms Bioinformatics (2012); doi: 10.1093/bioinformatics/bts313

Jean-Baptiste Veyrieras, Bruno Goffinet and Alain Charcosset. MetaQTL: a package of new computational methods for the meta-analysis of QTL mapping experiments. BMC Bioinformatics (2007), 8:49

Arcade A, Labourdette A, Falque M, Mangin B, Chardon F, Charcosset A, Joets J. BioMercator: integrating genetic maps and QTL towards discovery of candidate genes. Bioinformatics. (2004) Sep 22;20(14):2321-6

Goffinet B., Gerber S. Quantitative trait loci: a meta-analysis. Genetics. (2000) May;155(1):463

Financements

BioMercator V3 a été développé grâce au financement du projet ANR ANR-PCS-08-GENO-126 (PI Johann Joets) .