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BioMercator: genetic maps and QTL integration

BioMercator V2.1: Cartes génétiques et

Intégration de QTL

 

Équipe projet
Johann Joets, Matthieu Falque, Alain Charcosset
Anciens membres
Anne Arcade, Fabien Chardon
Collaborateurs Aymeric Labourdette, Bruno Goffinet, Brigitte Mangin (INRA, BIA, Toulouse, France)

 

MISE À JOUR (01/2011): Cette version n'est plus maintenue. La version 3 de BioMercator est en développement, veuillez visiter cette page.

 

Un nouveau challenge dans les programmes de sélection est d'intégrer l'information issue de la génomique et ceci depuis des analyses de caractères quantitatifs (QTL), dans le but d'identifier les séquences contrôlant la variation de caractères importants. Malgré l'explosion des bases de données en génomiques, construire une carte génétique compilant les gènes, QTLS et autres loci à partir de plusieurs cartes reste une tache manuelle fastidieuse. De plus, les cartes consensus sont très utiles pour mettre en évidence des co-localisations entre des gènes candidats et des QTLs. Le nombre croissant d'expériences QTL offre un important corpus de résultats qui doivent être synthétisés. Il semble intéressant de déterminer si des QTLs détectés dans des expériences indépendantes et localisés dans une même région d'un chromosome ne seraient pas en fait plusieurs estimation de la position d'un unique QTL. Cette affirmation peut être vérifiée au moyen d'outils statistiques appropriés tels que la méta-analyse, qui consiste à combiner les données provenant de diverses sources dans une seule étude. La méta-analyse représente donc un outil utile pour synthétiser l'information dense des QTLs et d'affiner la position des QTLs.


BioMercator est une application autonome qui réalise automatiquement ces taches. (1) BioMercator offre un navigateur convivial de cartes génétiques. Les données de cartes et de QTLs sont chargées à partir de fichiers textes. (2) BioMercator réalise des compilations automatiques de cartes génétiques. Une carte génétique consensus peut être construite à partir de plusieurs cartes d'individu par projection itérative de QTLs, gènes et autres loci. (3) BioMercator exécute des meta-analyses de QTLs (Goffinet et Gerber, 2000). Cette méthode statistique détermine le nombre le plus probable de « vrai » QTLs représentés par N QTLs détectés dans des expériences indépendantes pour le même caractères ou des caractères qui sont liés. Enfin, l'interface graphique permet de visualiser des co-localisations entre les QTL et les gènes de consensus.


Ce logiciel est une interface graphique écrite dans le langage Java (1.5). Il a été developpé avec le support des projets Génoplante "Integrative tools for genetic mapping" et "Maize bioinformatics". BioMercator est fournit « en l'état », sans garantie d'aucune sorte, ni service associé.

 

Téléchargement

BioMercator un produit sous licence disponible ici, gratuitement pour des activités non lucratives et sur demande auprès de Genoplante-Valor dans le cas contraire (voir le site de Genoplante).


Références

Arcade A, Labourdette A, Falque M, Mangin B, Chardon F, Charcosset A, Joets J. BioMercator: integrating genetic maps and QTL towards discovery of candidate genes. Bioinformatics. (2004) Sep 22;20(14):2321-6.

Goffinet B, Gerber S. Quantitative trait loci: a meta-analysis. Genetics. (2000) May,155(1):463-73

 

Financement

Ce programme a été financé par Génoplante et le Generation Challenge Programme.