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Thaliadb

Thaliadb

 

Équipe projet
Alain Charcosset, Johann Joets, Guy-Ross Assoumou-Ella, Delphine Madur, Yannick de Oliveira
Anciens membres Ala Eddine Tlijani

 

L'émergence des techniques de génotypage et phénotypage à haut-débit permettent d'envisager la mise en évidence d'associations significatives entre certains polymorphismes et phénotypes en utilisant les approches de la génétique d'association (GA). Toutefois cela suppose d'être capable de gérer, d'intégrer ces données et également de pouvoir en extraire des sous-ensembles pertinents pour la GA. La base de données ThaliaDB est développée pour répondre à ces objectifs.

Le développement a été initié en 2004. Le modèle de données prend en compte à la fois les aspects génotypiques, phénotypiques, de ressources génétiques (individus, lignées, populations, etc...), mais aussi les structures des populations auxquelles appartiennent les accessions décrites dans la base. ThaliaDB permet d'exporter ces données pour les soumettre à des analyses par des logiciels tiers
de génétique d'association.

Les développements actuels s'orientent vers la prise en compte de nouveaux types de marqueurs (tels les CNV), l'amélioration de la gestion de la filiation entre individus et le développement d'outils de fouille et d'exploration des données massives (génotypage haut-débit). La possibilité d'utiliser des ontologies internationales (La trait ontology) sera également offerte afin d'augmenter l'interopérabilité de TahliaDB et permettre la consolidation de jeux de données plus vaste.

Thaliadb est destinée à être utilisée par les généticiens et est accessible sur demande.

 

 

Disponibilité

Thaliadb est accessible via notre portail web.