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ActionMap : Automation of loci assignment to a framework map

ActionMap : Automatisation d'assignation de loci sur une carte squelette

Équipe projet
Guillaume Albini, Matthieu Falque & Johann Joets

Le calcul de liaisons génétiques peut être une tache répétitive et consommatrice de temps, particulièrement lorsque de nombreux loci sont à assigner à une carte squelette. Nous avons donc développé ActionMap, une application web qui automatise la cartographie génétique sur une carte squelette. En utilisant cet outil, des centaines de loci peuvent être assignés au squelette en une seule étape.
ActionMap a été développé initialement pour cartographier de nombreux ESTs avec une petite population de plantes cartographiées, et limité aux lignées et aux retrocroisements.

ActionMap est hautement configurable et est constitué de scripts Perl et PHP qui automatisent les différentes étapes du programme MapMaker. Des formulaires permettent d'importer les données et de configurer l'outil de cartographie. Les résultats de la cartographie automatisée peuvent être affichés dans des tableaux ou dessinés sur des cartes et peuvent être exportés. L'utilisateur peut gérer les droits d'accès à ses projets pour stocker les données brutes, les paramétrages et les résultats de cartographies. Toutes les données peuvent être éditées, mises à jour ou supprimées. ActionMap peut être utilisé aussi bien en ligne ou être téléchargé librement.

 

Téléchargement

L'archive ActionMap est disponible librement ici

 

Référence

Albini G, Falque M, Joets  J. ActionMap: A web-based software that automates loci asignments to a framework maps. Nucleic Acids Res. (2003) Jul 1;31(13):3815-8