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Responsable de publication :
Olivier Martin

Responsable éditoriale :
Rozenn Le Guyader

Administrateur de l'infoservice :
Thierry Balliau

PAPPSO (Plateforme d'Analyse Protéomique de Paris Sud-Ouest)

 

La plateforme PAPPSO réalise des analyses de protéomique dans le cadre de prestations et de collaborations.

>>> Analyses protéomiques

PAPPSO regroupe deux plateaux techniques :

  • à Gif-sur-Yvette, adossée à l’UMR Génétique Quantitative et Évolution – Le Moulon, l'équipe est spécialisée dans la biologie végétale ;
  • à Jouy-en-Josas, adossée à l’UMR Micalis, l'équipe est spécialisée dans les procaryotes.

Ces spécialisations ne nous empêchent pas d’aller explorer d’autres mondes. Par exemple nous avons étudié les protéines d’anches de clarinette, de cartilage de cheval, sans compter les fientes de pigeon... Ceci étant dit, la plateforme a développé une expertise dans la réalisation d’expériences à grands effectifs (plusieurs centaines d’échantillons) ainsi que dans la peptidomique et la métaprotéomique. Par exemple à l’heure actuelle, une expérience de génétique d’association sur le protéome de maïs porte sur plus de mille échantillons, et une analyse de métaprotéomique du microbiote intestinal porte sur plusieurs centaines d’échantillons.

Parallèlement aux développements en spectrométrie de masse, la plateforme développe des outils d’analyse protéomique adaptés aux grands effectifs et aux échantillons de grande complexité. Ils permettent de maîtriser l'ensemble de la chaîne de traitement depuis l'identification des peptides jusqu'à la quantification des protéines et à l'analyse statistique de leur variation.

>>> Bioinformatique

La plateforme s’est aussi dotée d’une infrastructure informatique qui lui permet de gérer ces données de très grande taille. PAPPSO diffuse les outils qu'elle développe en open source, organise des formations et accompagne les utilisateurs dans l'exploitation de leurs résultats, en particulier jusqu'à leur analyse bioinformatique et statistique.

Principaux outils bioinformatiques développés par PAPPSO :

  • X!TandemPipeline (Langella et al., 2017) pour l'identification et l'inférence des protéines,
  • MassChroQ (Valot et al., 2011) pour la quantification des peptides,
  • la base de données ProticDB (Langella et al., 2013),
  • le paquet R MCQ pour l'analyse statistique des données de spectrométrie de masse.

>>> Moyens

PAPPSO compte dix agents permanents répartis sur les deux plateaux. À GQE-Le Moulon, en octobre 2017, l'équipe est composée de  :

Thierry BALLIAU, Technicien Inra

Ariane BASSIGNANI, Doctorante  à Jouy (accueillie en stage à Gif)

Mélisande BLEIN-NICOLAS, IR Inra

Marlène DAVANTURE, AI CNRS

Olivier LANGELLA, IR CNRS

Filippo RUSCONI, CR CNRS

Michel ZIVY, DR CNRS, responsable de l'équipe.

PAPPSO est actuellement équipée de quatre spectromètres de masse adaptés à différents types de questions et à différents niveaux de complexité du mélange protéique : un LTQ, un LTQ-Orbitrap, un Q-Exactive plus et un Orbitrap Fusion Lumos.

Plus d'informations sur les analyses

La plateforme est labellisée IBiSA depuis 2009. Elle est également labellisée par la CNOC en tant que Plateforme Stratégique INRA (2009-2013) puis Plateforme Nationale Stratégique (2013-2018).

PAPPSO est rattachée au LabEx SPS.

>>> Publications récentes du plateau PAPPSO du "Moulon"

17/04/18

2018

Aloui A., Recorbet G., Lemaitre-Guillier C., Mounier A., Balliau T., Zivy M., Wipf D., Dumas-Gaudot E. (2018) The plasma membrane proteome of Medicago truncatula roots as modified by arbuscular mycorrhizal symbiosis. Mycorrhiza, 28 (1) 1-16.

Balliau T., Blein-Nicolas M., Zivy M. (2018) Evaluation of Optimized Tube-Gel Methods of Sample Preparation for Large-Scale Plant Proteomics. Proteomes, 6 (1)

Have M., Balliau T., Cottyn-Boitte B., Derond E., Cueff G., Soulay F., Lornac A., Reichman P., Dissmeyer N., Avice J. C., Gallois P., Rajjou L., Zivy M., Masclaux-Daubresse C. (2018) Increases in activity of proteasome and papain-like cysteine protease in Arabidopsis autophagy mutants: back-up compensatory effect or cell-death promoting effect? J Exp Bot, 69 (6) 1369-1385.

2017

Bonnot T., Bancel E., Alvarez D., Davanture M., Boudet J., Pailloux M., Zivy M., Ravel C., Martre P. (2017) Grain subproteome responses to nitrogen and sulfur supply in diploid wheat Triticum monococcum ssp. monococcum. Plant J, 91 (5) 894-910.

Durufle H., Clemente H. S., Balliau T., Zivy M., Dunand C., Jamet E. (2017) Cell wall proteome analysis of Arabidopsis thaliana mature stems. Proteomics, 17 (8)

Durufle H., Herve V., Balliau T., Zivy M., Dunand C., Jamet E. (2017) Proline Hydroxylation in Cell Wall Proteins: Is It Yet Possible to Define Rules? Front Plant Sci, 8 1802.

Durufle H., Herve V., Ranocha P., Balliau T., Zivy M., Chourre J., San Clemente H., Burlat V., Albenne C., Dejean S., Jamet E., Dunand C. (2017) Cell wall modifications of two Arabidopsis thaliana ecotypes, Col and Sha, in response to sub-optimal growth conditions: An integrative study. Plant Sci, 263 183-193.

Jean N., Dumont E., Herzi F., Balliau T., Laabir M., Masseret E., Mounier S. (2017) Modifications of the soluble proteome of a mediterranean strain of the invasive neurotoxic dinoflagellate Alexandrium catenella under metal stress conditions. Aquat Toxicol, 188 80-91.

Langella O., Valot B., Balliau T., Blein-Nicolas M., Bonhomme L., Zivy M. (2017) X!TandemPipeline: A Tool to Manage Sequence Redundancy for Protein Inference and Phosphosite Identification. J Proteome Res, 16 (2) 494-503.

Millan-Oropeza A., Henry C., Blein-Nicolas M., Aubert-Frambourg A., Moussa F., Bleton J., Virolle M. J. (2017) Quantitative Proteomics Analysis Confirmed Oxidative Metabolism Predominates in Streptomyces coelicolor versus Glycolytic Metabolism in Streptomyces lividans. J Proteome Res, 16 (7) 2597-2613.

Regente M., Pinedo M., San Clemente H., Balliau T., Jamet E., de la Canal L. (2017) Plant extracellular vesicles are incorporated by a fungal pathogen and inhibit its growth. J Exp Bot, 68 (20) 5485-5495.

Rouzet A., Reboux G., Dalphin J. C., Gondouin A., De Vuyst P., Balliau T., Millon L., Valot B., Roussel S. (2017) An immunoproteomic approach revealed antigenic proteins enhancing serodiagnosis performance of bird fancier's lung. J Immunol Methods, 450 58-65.

Villegente M., Marmey P., Job C., Galland M., Cueff G., Godin B., Rajjou L., Balliau T., Zivy M., Fogliani B., Sarramegna-Burtet V., Job D. (2017) A Combination of Histological, Physiological, and Proteomic Approaches Shed Light on Seed Desiccation Tolerance of the Basal Angiosperm Amborella trichopoda. Proteomes, 5 (3) 19.

2016

Abadie C., Mainguet S., Davanture M., Hodges M., Zivy M., Tcherkez G. (2016) Concerted Changes in the Phosphoproteome and Metabolome Under Different CO2/O2 Gaseous Conditions in Arabidopsis Rosettes. Plant Cell Physiol 57 (7) 1544-1556.

Blein-Nicolas M., Zivy M. (2016) Thousand and one ways to quantify and compare protein abundances in label-free bottom-up proteomics. Biochim Biophys Acta - Proteins and Proteom, 1864 (8) 883-95.

Dobrenel T., Mancera-Martinez E., Forzani C., Azzopardi M., Davanture M., Moreau M., Schepetilnikov M., Chicher J., Langella O., Zivy M., Robaglia C., Ryabova L. A., Hanson J., Meyer C. (2016) The Arabidopsis TOR Kinase Specifically Regulates the Expression of Nuclear Genes Coding for Plastidic Ribosomal Proteins and the Phosphorylation of the Cytosolic Ribosomal Protein S6. Front Plant Sci, 7 1611.

Herve V., Durufle H., Clemente H. S., Albenne C., Balliau T., Zivy M., Dunand C., Jamet E. (2016) An enlarged cell wall proteome of Arabidopsis thaliana rosettes. Proteomics, 16 (24) 3183-3187.

Nguyen-Kim H., San Clemente H., Balliau T., Zivy M., Dunand C., Albenne C., Jamet E. (2016) Arabidopsis thaliana root cell wall proteomics: Increasing the proteome coverage using a combinatorial peptide ligand library and description of unexpected Hyp in peroxidase amino acid sequences. Proteomics, 16 (3) 491-503.

Sabarly V., Aubron C., Glodt J., Balliau T., Langella O., Chevret D., Rigal O., Bourgais A., Picard B., de Vienne D., Denamur E., Bouvet O., Dillmann C. (2016) Interactions between genotype and environment drive the metabolic phenotype within Escherichia coli isolates. Environ Microbiol, 18 (1) 100-17.

2015

Bancel E., Bonnot T., Davanture M., Branlard G., Zivy M., Martre P. (2015) Proteomic Approach to Identify Nuclear Proteins in Wheat Grain. J Proteome Res, 14 (10) 4432-9.

Blein-Nicolas M., Albertin W., da Silva T., Valot B., Balliau T., Masneuf-Pomarede I., Bely M., Marullo P., Sicard D., Dillmann C., de Vienne D., Zivy M. (2015) A Systems Approach to Elucidate Heterosis of Protein Abundances in Yeast. Mol Cell Proteomics, 14 (8) 2056-71.

Hummel M., Dobrenel T., Cordewener J. J., Davanture M., Meyer C., Smeekens S. J., Bailey-Serres J., America T. A., Hanson J. (2015) Proteomic LC-MS analysis of Arabidopsis cytosolic ribosomes: Identification of ribosomal protein paralogs and re-annotation of the ribosomal protein genes. J Proteomics, 128 436-49.

Poncet V., Scutt C., Tournebize R., Villegente M., Cueff G., Rajjou L., Balliau T., Zivy M., Fogliani B., Job C., de Kochko A., Sarramegna-Burtet V., Job D. (2015) The Amborella vacuolar processing enzyme family. Front Plant Sci, 6 618.

Zivy M., Wienkoop S., Renaut J., Pinheiro C., Goulas E., Carpentier S. (2015) The quest for tolerant varieties: the importance of integrating "omics" techniques to phenotyping. Front Plant Sci, 6 448.

2014

Abdallah C., Valot B., Guillier C., Mounier A., Balliau T., Zivy M., van Tuinen D., Renaut J., Wipf D., Dumas-Gaudot E., Recorbet G. (2014) The membrane proteome of Medicago truncatula roots displays qualitative and quantitative changes in response to arbuscular mycorrhizal symbiosis. J Proteomics, 108 354-68.

Amiour N., Imbaud S., Clement G., Agier N., Zivy M., Valot B., Balliau T., Quillere I., Terce-Laforgue T., Dargel-Graffin C., Hirel B. (2014) An integrated "omics" approach to the characterization of maize (Zea mays L.) mutants deficient in the expression of two genes encoding cytosolic glutamine synthetase. BMC Genomics, 15 (1) 1005.

Boex-Fontvieille E., Davanture M., Jossier M., Zivy M., Hodges M., Tcherkez G. (2014) Photosynthetic activity influences cellulose biosynthesis and phosphorylation of proteins involved therein in Arabidopsis leaves. J Exp Bot, 65 (17) 4997-5010.

Boex-Fontvieille E., Daventure M., Jossier M., Hodges M., Zivy M., Tcherkez G. (2014) Phosphorylation pattern of Rubisco activase in Arabidopsis leaves. Plant Biol (Stuttg), 16 (3) 550-7.

Chaze T., Guillot A., Valot B., Langella O., Chamot-Rooke J., Di Guilmi A. M., Trieu-Cuot P., Dramsi S., Mistou M. Y. (2014) O-Glycosylation of the N-terminal region of the serine-rich adhesin Srr1 of Streptococcus agalactiae explored by mass spectrometry. Mol Cell Proteomics, 13 (9) 2168-82.

Davanture M., Dumur J., Bataille-Simoneau N., Campion C., Valot B., Zivy M., Simoneau P., Fillinger S. (2014) Phosphoproteome profiles of the phytopathogenic fungi Alternaria brassicicola and Botrytis cinerea during exponential growth in axenic cultures. Proteomics, 14 (13-14) 1639-45.

Desjardin C., Chat S., Gilles M., Legendre R., Riviere J., Mata X., Balliau T., Esquerre D., Cribiu E. P., Betch J. M., Schibler L. (2014) Involvement of mitochondrial dysfunction and ER-stress in the physiopathology of equine osteochondritis dissecans (OCD). Exp Mol Pathol, 96 (3) 328-338.

Desjardin C., Riviere J., Vaiman A., Morgenthaler C., Diribarne M., Zivy M., Robert C., Le Moyec L., Wimel L., Lepage O., Jacques C., Cribiu E., Schibler L. (2014) Omics technologies provide new insights into the molecular physiopathology of equine osteochondrosis. BMC Genomics, 15 947.

Juste C., Kreil D. P., Beauvallet C., Guillot A., Vaca S., Carapito C., Mondot S., Sykacek P., Sokol H., Blon F., Lepercq P., Levenez F., Valot B., Carre W., Loux V., Pons N., David O., Schaeffer B., Lepage P., Martin P., Monnet V., Seksik P., Beaugerie L., Ehrlich S. D., Gibrat J. F., Van Dorsselaer A., Dore J. (2014) Bacterial protein signals are associated with Crohn's disease. Gut, 63 (10) 1566-1577.

Renvoisé M., Bonhomme L., Davanture M., Valot B., Zivy M., Lemaire C. (2014) Quantitative variations of the mitochondrial proteome and phosphoproteome during fermentative and respiratory growth in Saccharomyces cerevisiae. J Proteomics, 106C 140-150.

2013

Agrawal G. K., Job D., Zivy M., Agrawal V. P., Bradshaw R. A., Dunn M. J., Haynes P. A., van Wijk K. J., Kikuchi S., Renaut J., Weckwerth W., Rakwal R. (2011) Time to articulate a vision for the future of plant proteomics - A global perspective: An initiative for establishing the International Plant Proteomics Organization (INPPO). Proteomics, 11 (9) 1559-68.

Albertin W., Marullo P., Bely M., Aigle M., Bourgais A., Langella O., Balliau T., Chevret D., Valot B., da Silva T., Dillmann C., de Vienne D., Sicard D. (2013) Linking post-translational modifications and variation of phenotypic traits. Mol Cell Proteomics, 12 (3) 720-35.

Blein-Nicolas M., Albertin W., Valot B., Marullo P., Sicard D., Giraud C., Huet S., Bourgais A., Dillmann C., de Vienne D., Zivy M. (2013) Yeast proteome variations reveal different adaptive responses to grape must fermentation. Mol Biol Evol, 30 (6) 1368-83.

Boex-Fontvieille E., Daventure M., Jossier M., Zivy M., Hodges M., Tcherkez G. (2013) Photosynthetic control of Arabidopsis leaf cytoplasmic translation initiation by protein phosphorylation. PLoS One, 8 (7) e70692.

Douché T., Clemente H. S., Burlat V., Roujol D., Valot B., Zivy M., Pont-Lezica R., Jamet E. (2013) Brachypodium distachyon as a model plant towards improved biofuel crops: Search for secreted proteins involved in biogenesis and disassembly of cell wall polymers. Proteomics, 13 (16) 2438-54.

Guerinier T., Millan L., Crozet P., Oury C., Rey F., Valot B., Mathieu C., Vidal J., Hodges M., Thomas M., Glab N. (2013) Phosphorylation of p27(KIP1) homologs KRP6 and 7 by SNF1-related protein kinase-1 links plant energy homeostasis and cell proliferation. Plant J, 75 (3) 515-25.

Jolivet P., Acevedo F., Boulard C., d'Andrea S., Faure J. D., Kohli A., Nesi N., Valot B., Chardot T. (2013) Crop seed oil bodies: From challenges in protein identification to an emerging picture of the oil body proteome. Proteomics, 13 (12-13) 1836-49.

Langella O., Valot B., Jacob D., Balliau T., Flores R., Hoogland C., Joets J., Zivy M. (2013) Management and dissemination of MS proteomic data with PROTICdb: Example of a quantitative comparison between methods of protein extraction. Proteomics, 13 (9) 1457-66.

Manaa A., Faurobert M., Valot B., Bouchet J. P., Grasselly D., Causse M., Ahmed H. B. (2013) Effect of salinity and calcium on tomato fruit proteome. OMICS, 17 (6) 338-52.

Xu J., Pascual L., Aurand R., Bouchet J. P., Valot B., Zivy M., Causse M., Faurobert M. (2013) An extensive proteome map of tomato (Solanum lycopersicum) fruit pericarp. Proteomics, 13 (20) 3059-63.

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