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Responsable de publication :
Olivier Martin

Responsable éditoriale :
Rozenn Le Guyader

Administrateur de l'infoservice :
Thierry Balliau

Directeur Olivier MARTIN, Directeur de recherche INRA
Directeurs adjoints


Philippe BRABANT
, Professeur, AgroParisTech

Alain CHARCOSSET, Directeur de recherche INRA

Catherine DAMERVAL, Directrice de recherche CNRS

Christine DILLMANN, Professeur Université Paris-Sud

 

L’UMR "Génétique Quantitative et Évolution-Le Moulon" est rattachée à l’INRA (UMR 320), à l’Université Paris-Sud, au CNRS (UMR 8120) et à AgroParisTech. Elle comprend une soixantaine de permanents relevant de ces établissements, et une trentaine de stagiaires, doctorants et post-doctorants. Elle est l'une des quatre unités constitutives de l’institut sans murs Diversité, Ecologie et Evolution du Vivant (IDEEV) relevant de l’Université Paris-Sud et du CNRS. Elle est aussi membre du LabEx Biodiversité, Agroécosystèmes, Société, Climat (BASC) constitué de treize UMR situées sur les sites de Paris-Sud/Orsay, Versailles-Grignon et Gif-sur-Yvette et du LabEx Sciences des Plantes de Saclay (SPS) qui regroupe des laboratoires de biologie végétale en région parisienne.

GQE – Le Moulon est également fortement impliquée en amont de l'amélioration génétique des espèces et coordonne en particulier le projet d'Investissement d'Avenir « AMAIZING » qui rassemble vingt-quatre partenaires publics et privés.

 

> Diversité des cultures scientifiques

L’UMR regroupe des personnels de quatre instituts ou établissements d’enseignement supérieur : l'INRA, l'Université Paris-Sud, le CNRS et AgroParisTech. Si la majorité des chercheurs et enseignants-chercheurs permanents ont une formation de génétique et de biologie, les spécialisations sont variées (agronomie, botanique, génétique quantitative, évolutive ou des populations), et nous comptons également trois mathématiciens et un physicien. Cette grande diversité des cultures scientifiques enrichit le dialogue et fonde le large socle de nos thématiques de recherche. On trouve dans GQE - Le Moulon une palette de compétences autour de notre cœur de métier, l'étude des bases génétiques de la variation quantitative avec ses ramifications en biodiversité, sélection, évolution et biologie intégrative. Cette richesse favorise les interactions intra-UMR et les échanges de compétences – essentiels étant donné la rapidité des évolutions techniques et méthodologiques – ainsi que l'émergence de nouvelles idées et/ou thèmes qui favorisent la vitalité scientifique.

 

> Thèmes et équipes de recherche

GQE - Le Moulon a pour thématique scientifique principale la génétique et l’évolution des caractères à déterminisme complexe (caractères quantitatifs). Deux objectifs complémentaires sont poursuivis :

  • La recherche en génétique quantitative, à la fois fondamentale (modélisation de la variation quantitative, évolution des caractères quantitatifs) et appliquée (méthodologie de la sélection et ressources génétiques)
  • L’analyse de caractères quantitatifs particuliers choisis pour leur intérêt agronomique et/ou pour la compréhension de mécanismes évolutifs (caractères de croissance, de développement, d’adaptation).
vue des expérimentations de blé fleur de nigelle fleurs de colza
fleur de maïs
Les espèces étudiées sont principalement le maïs et le blé. Certains projets impliquent d'autres espèces, soit au titre de modèles (Arabidopsis thaliana, levure), soit pour aborder des questions spécifiques (Brassica, tournesol, Papavéracées).

Les activités de recherche de l’UMR sont organisées au sein de sept équipes de recherche.

Biologie et Adaptation des Systèmes en Évolution (BASE)C. Dillmann, Paris-Sud

Recombinaison des Allèles en Méiose : Déterminisme, Applications, Modélisation (RAMDAM) - O. Martin, INRA

Structure et Évolution des Chromosomes Fongiques (SECF)C. Fairhead, Paris-Sud

Dynamique du Génome et Adaptation des Plantes cultivées (DyGAP)M. Tenaillon, CNRS

Génétique, Épigénétique et Évolution de la Morphogenèse Florale (GE2MorF)C. Damerval, CNRS

Diversité, Évolution et Adaptation des Populations (DEAP) - I. Goldringer, INRA

Génétique Quantitative et Méthodologie de la Sélection (GQMS)A. Charcosset, INRA

>>> Voir les équipes de recherche

 

> Moyens techniques et structures transversales

L'UMR peut se réjouir d'avoir des personnels techniques compétents dans des domaines complémentaires (de la biologie moléculaire à l'expérimentation au champ) ainsi que la possibilité d'exploiter des terrains expérimentaux de proximité de très bonne qualité. Le choix d'avoir des équipes transversales :

L'Atelier Cartographie Expression Polymorphisme (ACEP)

L'Atelier de Bio-informatique et Informatique (ABI)

La Plate-forme de protéomique (PAPPSO)

L'Installation Expérimentale (IE)

donne une bonne cohérence de fonctionnement à l’ensemble du laboratoire.

>>> Voir les structures transversales

 

> Partenariats

GQE - Le Moulon entretient des liens forts avec des entreprises privées (maïs, levure, brassicaceae) et le monde agricole ou de l'artisanat (blé, levure). Au-delà des moyens financiers supplémentaires, ces partenariats nous permettent : 1) d'enrichir nos thématiques ; 2) d'identifier des questions de recherches finalisées pertinentes ; 3) de valoriser nos travaux ; 4) d'agir avec et sur la société civile pour participer à sa transformation ; 5) de communiquer/vulgariser les résultats de nos recherches. Nous répondons aussi aux missions de nos tutelles et aux exigences des appels à projets publics qui demandent de plus en plus que les recherches s’inscrivent dans des problématiques d’intérêt socio-économique tout en conservant des relations avec des questions de recherche fondamentale.

L'UMR est au cœur de la structuration de la biologie évolutive du campus Orsay-Gif via l'IDEEV. Elle a aussi des liens forts avec d'autres acteurs en biomathématiques (nombreuses collaborations avec des équipes de Jouy, d’AgroParisTech, de l’Université Paris-Sud et de Polytechnique) et en agroécologie (en particulier dans le LabEx BASC grâce à l’équipe DEAP).

 

> Relations avec l'enseignement supérieur, formation par la recherche, transfert

1- Avec onze enseignants-chercheurs de l'Université Paris-Sud et d'AgroParisTech mais également avec la participation des chercheurs INRA ou CNRS, l'UMR est fortement impliquée dans l’enseignement supérieur. En particulier certains d'entre eux sont responsables de formations.

Au niveau du doctorat, Christine Dillmann co-organise l'unité d'enseignement (UE) Modélisation statistiques et analyse de données biologiques ouverte aux doctorants de Sciences de la vie de l'Université Paris-Saclay, quelle que soit leur école doctorale de rattachement.

Dans les Masters de la school Biologie, médecine, pharmacie de l’Université Paris-Saclay, les enseignants-chercheurs de GQE - Le Moulon sont responsables ou co-responsables d’UE qu’ils ont créées au niveau M1 ou M2.

Dans le Master Santé Publique, Judith Legrand est responsable de l’UE Modélisation mathématique en épidémiologie des maladies infectieuses qui se déroule à Kremlin Bicêtre.

Dans le Master Biologie Santé (BS), les enseignants-chercheurs du Moulon sont particulièrement actifs dans le parcours M2 Gen2Ev (Génétique, Génomes et Évolution, centré à Paris-Sud) dont Cécile Fairhead est co-responsable : l’UE Génomes, Phénotypes et population, a pour co-responsable Dominique de Vienne et le Cours pratique (Biologie, Statistiques, Bioinformatique, Big Data, Données Génomiques, NGS) est coordonné par Christine Dillmann.

Au niveau M1, dans le cursus Génomique, biologie moléculaire et cellulaire, l’UE Évolution en question (D. de Vienne, co-resp.) est proposée dans la plateforme Interschool comme l’UE Biostatistiques (C. Dillmann). Cet enseignement fondamental en biostatistiques est également dispensé dans les Masters Bioinformatique et Biologie, Écologie et Environnement (BEE).

Cécile Fairhead est responsable du Magistère de Biologie (cursus Boris Ephrussi) ouvert à Paris-Sud aux étudiants de L3 Biologie-Santé et Biologie des Organismes et Évolution, et aux Masters Bioogie Santé, BEE et Bioinformatique de Paris-Saclay.

Les enseignants-chercheurs de GQE – Le Moulon contribuent à l’enseignement dispensé dans le cadre des Masters de la school Biodiversité, agriculture et alimentation, société, environnement (BASE) de Paris-Saclay, tout particulièrement au niveau de la mention Biologie intégrative et physiologie (BIP).

En Master 1, Karine Alix fait partie du comité de pilotage de la mention BIP en tant que responsable du tronc commun de mention, dans lequel les enseignants-chercheurs du Moulon ont créé différentes UE dont ils assurent la responsabilité : Evolution et organisation des génomes (K. Alix), Biodiversité et génétique (J. Fiévet), Statistiques (D. Manicacci, J. Fiévet). Au sein de la plateforme de mention BIP végétale, la création d’UE puis leur dispense auprès des étudiants de Master est le résultat de l’implication de l’équipe du Moulon en ce qui concerne les UE Adaptation des plantes à l’environnement (K. Alix), Génomique des espèces cultivées et bioinformatique (K. Alix), Génétique appliquée à l’agronomie et à la sélection variétale (J. Fiévet).

Au niveau du M2 Sciences du Végétal, K. Alix fait partie du comité de pilotage en tant que responsable de l’UE Génomique et amélioration des plantes, dans laquelle enseignants-chercheurs et chercheurs de l’UMR sont impliqués.

En Licence de Science de la Vie de Paris-Sud (BCST), on citera les enseignements de :

  • L3 Modèles dynamiques en biologie, co-responsable Christine Dillmann,
  • L2 Statistiques, applications à des problèmes en biologie, co-responsable Christine Dillmann, Écologie et statistiques, co-responsable Judith Legrand,
  • L1 Évolution expérimentale, co-responsable Christine Dillmann et Élodie Marchadier.

Enfin Domenica Manicacci est responsable de l’UE Biostatistiques du PACES à Paris-Sud.

Dans le cursus de formation Ingénieur d’AgroParisTech réparti sur 3 ans, les quatre enseignants-chercheurs d'AgroParisTech de l’UMR interviennent au niveau de la spécialisation de fin d’études (~M2) Produire et Innover dans les Systèmes Techniques végétaux (PISTv) (600h) dont Julie Fiévet est co-responsable. Les UE Amélioration des plantes et écophysiologie au service de l’ingénierie végétale (P. Brabant) du tronc commun, Génomique, biotechnologies végétales et biologie des semences (K. Alix) et Génétique(s) appliquée(s) à l’amélioration des plantes (P. Brabant) de l’option Améliorer les plantes font intervenir l'ensemble des chercheurs de GQE-Le Moulon dans les domaines de génétique quantitative, cartographie génétique, génomique et bioanalyse, épigénétique, protéomique et amélioration des plantes. Les EC de l’UMR sont aussi responsables d’UC dans la spécialisation Biotechs, avec Les sciences « omiques », une révolution dans les domaines de la biologie et des biotechnologies (K. Alix), Génétique des caractères complexes (J. Fievet), Ingénierie métabolique (J. Fievet) ou encore Analyse statistique des données (J. Fievet).

Pour les deux premières années du cursus ingénieur (~L3 et M1), les contributions de l’UMR du Moulon concernent des modules très variés comme les TD de génétique des populations (P. Brabant, J. Fiévet, K. Alix) et de génétique quantitative (P. Brabant, J. Fiévet) ou les UC Ce que nous apprennent les génomes (K. Alix), Les défis de l’amélioration des plantes : de la domestication à la sélection génomique (J. Fiévet, K. Alix), Biotechnologies : alimentation et santé (K. Alix). Les EC d’AgroParisTech interviennent également dans le cursus spécifique de formation par apprentissage de l’Ecole avec la responsabilité de l’enseignement de génétique et statistiques (P. Brabant), la responsabilité de l’UE Enjeux du vivant (J.Fiévet), des interventions dans l’UE Biotechnologies, agriculture et environnement, et le tutorat d’étudiants apprentis. Enfin, au niveau de l’Institut Villebon –Georges Charpak, l’UE Evolution et génétique des populations du parcours Bioingénierie (L3) est assurée par J. Fiévet, illustrant l’implication d’AgroParisTech comme partenaire de formation de l’Institut.

2- L’UMR Génétique Quantitative et Évolution-Le Moulon contribue à la formation à la recherche et par la recherche, en accueillant chaque année de vingt à trente stagiaires de fin de Licence, de Master Recherche ou Professionnel, de DAA, ou de diverses écoles professionnelles (ingénieurs, BTS).
Treize chercheurs et enseignants-chercheurs sont habilités à diriger des recherches. Les scientifiques Habilités à Diriger des Recherches (HDR) de l’UMR sont rattachés aux écoles doctorales "Structure et Diversité des Systèmes Vivants" (SDSV), "Sciences du Végétal", ou ABIES de l’Université Paris-Saclay ou encore à l’ED Frontières du Vivant de l’Université Paris-Diderot. Une douzaine de doctorants sont accueillis dans les équipes de recherche.

3- Enfin, à destination du monde non-académique, on peut noter les nombreuses formations pour des agriculteurs et des animateurs d'associations agricoles sur la gestion de la diversité cultivée et la sélection participative, ou encore la fabrication d’un kit pédagogique consistant en une population de lignées recombinantes de haricot qui illustre les bases génétiques de la variation quantitative, présenté aux professeurs de mathématiques et de SVT de lycée.