FrancaisEnglish (United Kingdom)



Publications dans des revues à comité de lecture

Juillet 2018

Albertin W., da Silva T., Rigoulet M., Salin B., Masneuf-Pomarede I., de Vienne D., Sicard D., Bely M., Marullo P. (2013) The mitochondrial genome impacts respiration but not fermentation in interspecific Saccharomyces hybrids. PLoS One, 8 (9) e75121.

Albertin W., Marullo P., Bely M., Aigle M., Bourgais A., Langella O., Balliau T., Chevret D., Valot B., da Silva T., Dillmann C., de Vienne D., Sicard D. (2013) Linking post-translational modifications and variation of phenotypic traits. Mol Cell Proteomics, 12 (3) 720-35.

Bardol N., Ventelon M., Mangin B., Jasson S., Loywick V., Couton F., Derue C., Blanchard P., Charcosset A., Moreau L. (2013) Combined linkage and linkage disequilibrium QTL mapping in multiple families of maize (Zea mays L.) line crosses highlights complementarities between models based on parental haplotype and single locus polymorphism. Theor Appl Genet, 126 (11) 2717-36.

Basu-Roy S., Gauthier F., Giraut L., Mezard C., Falque M., Martin O. C. (2013) Hot Regions of Noninterfering Crossovers Coexist with a Nonuniformly Interfering Pathway in Arabidopsis thaliana. Genetics, 195 (3) 769-79.

Bauer E., Falque M., Walter H., Bauland C., Camisan C., Campo L., Meyer N., Ranc N., Rincent R., Schipprack W., Altmann T., Flament P., Melchinger A. E., Menz M., Moreno-Gonzalez J., Ouzunova M., Revilla P., Charcosset A., Martin O. C., Schon C. C. (2013) Intraspecific variation of recombination rate in maize. Genome Biol, 14 (9) R103.

Bérard C., Seifert M., Mary-Huard T., Martin-Magniette M. (2013) MultiChIPmixHMM: an R package for ChIP-chip data analysis modeling spatial dependencies and multiple replicates. BMC Bioinformatics, 14 (1) 271.

Blein-Nicolas M., Albertin W., Valot B., Marullo P., Sicard D., Giraud C., Huet S., Bourgais A., Dillmann C., de Vienne D., Zivy M. (2013) Yeast proteome variations reveal different adaptive responses to grape must fermentation. Mol Biol Evol, 30 (6) 1368-83.

Boex-Fontvieille E., Daventure M., Jossier M., Zivy M., Hodges M., Tcherkez G. (2013) Photosynthetic control of Arabidopsis leaf cytoplasmic translation initiation by protein phosphorylation. PLoS One, 8 (7) e70692.

Bouchet S., Servin B., Bertin P., Madur D., Combes V., Dumas F., Brunel D., Laborde J., Charcosset A., Nicolas S. (2013) Adaptation of maize to temperate climates: mid-density genome-wide association genetics and diversity patterns reveal key genomic regions, with a major contribution of the Vgt2 (ZCN8) locus. PLoS One, 8 (8) e71377.

Chateil C., Goldringer I., Tarallo L., Kerbiriou C., Le Viol I., Ponge J.-F., Slamon S., Gachet S., Porcher E. (2013) Crop genetic diversity benefits farmland biodiversity in cultivated fields. Agric Ecosyst Environ, 171 25-32.

Citerne H. L., Le Guilloux M., Sannier J., Nadot S., Damerval C. (2013) Combining phylogenetic and syntenic analyses for understanding the evolution of TCP ECE genes in eudicots. PLoS One, 8 (9) e74803.

Damerval C., Citerne H., Le Guilloux M., Domenichini S., Dutheil J., Ronse de Craene L., Nadot S. (2013) Asymmetric morphogenetic cues along the transverse plane: shift from disymmetry to zygomorphy in the flower of Fumarioideae. Am J Bot, 100 (2) 391-402.

Dawson J. C., Serpolay E., Giuliano S., Schermann N., Galic N., Berthellot J. F., Chesneau V., Ferte H., Mercier F., Osman A., Pino S., Goldringer I. (2013) Phenotypic diversity and evolution of farmer varieties of bread wheat on organic farms in Europe. Genet Resour Crop Evol, 60 (1) 145-163.

Diez C. M., Gaut B. S., Meca E., Scheinvar E., Montes-Hernandez S., Eguiarte L. E., Tenaillon M. I. (2013) Genome size variation in wild and cultivated maize along altitudinal gradients. New Phytol, 199 (1) 264-76.

Douché T., Clemente H. S., Burlat V., Roujol D., Valot B., Zivy M., Pont-Lezica R., Jamet E. (2013) Brachypodium distachyon as a model plant towards improved biofuel crops: Search for secreted proteins involved in biogenesis and disassembly of cell wall polymers. Proteomics, 13 (16) 2438-54.

Drouaud J., Khademian H., Giraut L., Zanni V., Bellalou S., Henderson I. R., Falque M., Mezard C. (2013) Contrasted Patterns of Crossover and Non-crossover at Arabidopsis thaliana Meiotic Recombination Hotspots. PLoS Genet, 9 (11) e1003922.

Gonçalves B., Nougué O., Jabbour F., Ridel C., Morin H., Laufs P., Manicacci D., Damerval C. (2013) An Apetala3 homolog controls both petal identity and floral meristem patterning in Nigella damascena L. (Ranunculaceae). Plant J, 76 (2) 223-35.

Guerinier T., Millan L., Crozet P., Oury C., Rey F., Valot B., Mathieu C., Vidal J., Hodges M., Thomas M., Glab N. (2013) Phosphorylation of p27(KIP1) homologs KRP6 and 7 by SNF1-related protein kinase-1 links plant energy homeostasis and cell proliferation. Plant J, 75 (3) 515-25.

Henry A., Moneger F., Samal A., Martin O. C. (2013) Network function shapes network structure: the case of the Arabidopsis flower organ specification genetic network. Mol Biosyst, 9 (7) 1726-35.

* Houel C., Martin-Magniette M.-L., Nicolas S. D., Lacombe T., Le Cunff L., Franck D., Torregrosa L., Conéjéro G., Lalet S., This P., Adam-Blondon A.-F. (2013) Genetic diversity of berry size in grapevine (Vitis vinifera L.). Aus J Grape and Wine R, 19 (2) 208-220.

Iwata A., Tek A. L., Richard M. M., Abernathy B., Fonseca A., Schmutz J., Chen N. W., Thareau V., Magdelenat G., Li Y., Murata M., Pedrosa-Harand A., Geffroy V., Nagaki K., Jackson S. A. (2013) Identification and characterization of functional centromeres of the common bean. Plant J, 76 (1) 47-60.

Jolivet P., Acevedo F., Boulard C., d'Andrea S., Faure J. D., Kohli A., Nesi N., Valot B., Chardot T. (2013) Crop seed oil bodies: From challenges in protein identification to an emerging picture of the oil body proteome. Proteomics, 13 (12-13) 1836-49.

Khan A. R., Enjalbert J., Marsolier A.-C., Rousselet A., Goldringer I., Vitte C. (2013) Vernalization treatment induces site-specific DNA hypermethylation at the VERNALIZATION-A1 (VRN-A1) locus in hexaploid winter wheat. BMC Plant Biol, 13 209.

Langella O., Valot B., Jacob D., Balliau T., Flores R., Hoogland C., Joets J., Zivy M. (2013) Management and dissemination of MS proteomic data with PROTICdb: Example of a quantitative comparison between methods of protein extraction. Proteomics, 13 (9) 1457-66.

Manaa A., Faurobert M., Valot B., Bouchet J. P., Grasselly D., Causse M., Ahmed H. B. (2013) Effect of salinity and calcium on tomato fruit proteome. OMICS, 17 (6) 338-52.

Mir C., Zerjal T., Combes V., Dumas F., Madur D., Bedoya C., Dreisigacker S., Franco J., Grudloyma P., Hao P. X., Hearne S., Jampatong C., Laloe D., Muthamia Z., Nguyen T., Prasanna B. M., Taba S., Xie C. X., Yunus M., Zhang S., Warburton M. L., Charcosset A. (2013) Out of America: tracing the genetic footprints of the global diffusion of maize. Theor Appl Genet, 126 (11) 2671-82.

Muñoz Diez C., Gaut B. S., Meca E., Scheinvar E., Montes-Hernandez S., Eguiarte L. E., Tenaillon M. I. (2013) Genome size variation in wild and cultivated maize along altitudinal gradients. New Phytol, 199 264-276.

Pautasso M., ..., Goldringer I., ..., Thomas M., Tramontini S. (2013) Seed exchange networks for agrobiodiversity conservation. A review. Agron Sustain Dev, 33 (1) 151-175.

Radanielina T., Ramanantsoanirina A., Raboin L. M., Frouin J., Perrier X., Brabant P., Ahmadi N. (2013) The original features of rice (Oryza sativa L.) genetic diversity and the importance of within-variety diversity in the highlands of Madagascar build a strong case for in situ conservation. Genet Resour Crop Evol, 60 (1) 311-323.

Richard M. M., Chen N. W., Thareau V., Pflieger S., Blanchet S., Pedrosa-Harand A., Iwata A., Chavarro C., Jackson S. A., Geffroy V. (2013) The Subtelomeric khipu Satellite Repeat from Phaseolus vulgaris: Lessons Learned from the Genome Analysis of the Andean Genotype G19833. Front Plant Sci, 4 109.

Samal A., Martin O. C. (2013) Shining fresh light on the evolution of photosynthesis. Elife, 2 e01403.

Sarilar V., Palacios P. M., Rousselet A., Ridel C., Falque M., Eber F., Chevre A. M., Joets J., Brabant P., Alix K. (2013) Allopolyploidy has a moderate impact on restructuring at three contrasting transposable element insertion sites in resynthesized Brassica napus allotetraploids. New Phytol, 198 (2) 593-604.

Solano J., Mathias M., Esnault F., Brabant P. (2013) Genetic diversity among native varieties and commercial cultivars of Solanum tuberosum ssp tuberosum L. present in Chile. Electro J Biotechn, 16 (6)

Valente F., Gauthier F., Bardol N., Blanc G., Joets J., Charcosset A., Moreau L. (2013) OptiMAS: a decision support tool for marker-assisted assembly of diverse alleles. J Hered, 104 (4) 586-90.

Vitte C., Estep M. C., Leebens-Mack J., Bennetzen J. L. (2013) Young, intact and nested retrotransposons are abundant in the onion and asparagus genomes. Ann Bot, 112 (5) 881-9.

Wurmser F., Mary-Huard T., Daudin J. J., Joly D., Montchamp-Moreau C. (2013) Variation of gene expression associated with colonisation of an anthropized environment: comparison between African and European populations of Drosophila simulans. PLoS One, 8 (11) e79750.

Xu J., Pascual L., Aurand R., Bouchet J. P., Valot B., Zivy M., Causse M., Faurobert M. (2013) An extensive proteome map of tomato (Solanum lycopersicum) fruit pericarp. Proteomics, 13 (20) 3059-63.

Zagorski M., Krzywicki A., Martin O. C. (2013) Edge usage, motifs, and regulatory logic for cell cycling genetic networks. Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys, 87 (1) 012727.



Publications dans des revues à comité de lecture

  • Acevedo F., Rubilar M., Shene C., Navarrete P., Romero F., Rabert C., Jolivet P., Valot B., Chardot T. (2012) Seed oil bodies from Gevuina avellana and Madia sativa. J Agric Food Chem, 60 (28) 6994-7004.
  • Allard V., Veisz O., Koszegi B., Rousset M., Le Gouis J., Martre P. (2012) The quantitative response of wheat vernalization to environmental variables indicates that vernalization is not a response to cold temperature. J Exp Bot, 63 (2) 847-57.
  • Amiour N., Imbaud S., Clement G., Agier N., Zivy M., Valot B., Balliau T., Armengaud P., Quillere I., Canas R., Tercet-Laforgue T., Hirel B. (2012) The use of metabolomics integrated with transcriptomic and proteomic studies for identifying key steps involved in the control of nitrogen metabolism in crops such as maize. J Exp Bot, 63 (14) 5017-33.
  • Arc E., Chibani K., Grappin P., Jullien M., Godin B., Cueff G., Valot B., Balliau T., Job D., Rajjou L. (2012) Cold stratification and exogenous nitrates entail similar functional proteome adjustments during Arabidopsis seed dormancy release. J Proteome Res, 11 (11) 5418-32.
  • Ashfield T., Egan A. N., Pfeil B. E., Chen N. W., Podicheti R., Ratnaparkhe M. B., Ameline-Torregrosa C., Denny R., Cannon S., Doyle J. J., Geffroy V., Roe B. A., Saghai Maroof M. A., Young N. D., Innes R. W. (2012) Evolution of a complex disease resistance gene cluster in diploid Phaseolus and tetraploid Glycine. Plant Physiol, 159 (1) 336-54.
  • Blein-Nicolas M., Xu H., de Vienne D., Giraud C., Huet S., Zivy M. (2012) Including shared peptides for estimating protein abundances: a significant improvement for quantitative proteomics. Proteomics, 12 (18) 2797-801.
  • Bonhomme L., Valot B., Tardieu F., Zivy M. (2012) Phosphoproteome dynamics upon changes in plant water status reveal early events associated with rapid growth adjustment in maize leaves. Mol Cell Proteomics, 11 (10) 957-72.
  • Bonneuil C., Goffaux R., Bonnin I., Montalent P., Hamon C., Balfourier F., Goldringer I. (2012) A new integrative indicator to assess crop genetic diversity. Ecol Indic, 23 280-289.
  • Canas R. A., Quillere I., Gallais A., Hirel B. (2012) Can genetic variability for nitrogen metabolism in the developing ear of maize be exploited to improve yield? New Phytol, 194 (2) 440-52.
  • Chia J. M., Song C., Bradbury P. J., Costich D., de Leon N., Doebley J., Elshire R. J., Gaut B., Geller L., Glaubitz J. C., Gore M., Guill K. E., Holland J., Hufford M. B., Lai J., Li M., Liu X., Lu Y., McCombie R., Nelson R., Poland J., Prasanna B. M., Pyhajarvi T., Rong T., Sekhon R. S., Sun Q., Tenaillon M. I., Tian F., Wang J., Xu X., Zhang Z., Kaeppler S. M., Ross-Ibarra J., McMullen M. D., Buckler E. S., Zhang G., Xu Y., Ware D. (2012) Maize HapMap2 identifies extant variation from a genome in flux. Nat Genet, 44 (7) 803-7.
  • Corbi J., Dutheil J. Y., Damerval C., Tenaillon M. I., Manicacci D. (2012) Accelerated evolution and coevolution drove the evolutionary history of AGPase sub-units during angiosperm radiation. Ann Bot, 109 (4) 693-708.
  • Cornille A., Gladieux P., Smulders M. J., Roldan-Ruiz I., Laurens F., Le Cam B., Nersesyan A., Clavel J., Olonova M., Feugey L., Gabrielyan I., Zhang X. G., Tenaillon M. I., Giraud T. (2012) New insight into the history of domesticated apple: secondary contribution of the European wild apple to the genome of cultivated varieties. PLoS Genet, 8 (5) e1002703.
  • Dawson J. C., Serpolay E., Giuliano S., Schermann N., Galic N., Chable V., Goldringer I. (2012) Multi-trait evolution of farmer varieties of bread wheat after cultivation in contrasting organic farming systems in Europe. Genetica, 140 (1-3) 1-17.
  • de Vallavieille-Pope C., Ali S., Leconte M., Enjalbert J., Delos M., Rouzet J. (2012) Virulence Dynamics and Regional Structuring of Puccinia striiformis f. sp tritici in France Between 1984 and 2009. Plant Disease, 96 (1) 131-140.
  • Desjardin C., Balliau T., Valot B., Zivy M., Wimel L., Guerin G., Cribiu E., Schibler L. (2012) A method for proteomic analysis of equine subchondral bone and epiphyseal cartilage. Proteomics, 12 (11) 1870-4.
  • Durand E., Bouchet S., Bertin P., Ressayre A., Jamin P., Charcosset A., Dillmann C., Tenaillon M. I. (2012) Flowering time in maize: linkage and epistasis at a major effect locus. Genetics, 190 (4) 1547-62.
  • Hufford M. B., Martinez-Meyer E., Gaut B. S., Eguiarte L. E., Tenaillon M. I. (2012) Inferences from the historical distribution of wild and domesticated maize provide ecological and evolutionary insight. PLoS One, 7 (11) e47659.
  • Islam M. N., Jacquemot M. P., Coursol S., Ng C. K. (2012) Sphingosine in plants--more riddles from the Sphinx? New Phytol, 193 (1) 51-7.
  • Jean N., Dumont E., Durrieu G., Balliau T., Jamet J. L., Personnic S., Garnier C. (2012) Protein expression from zooplankton communities in a metal contaminated NW mediterranean coastal ecosystem. Mar Environ Res, 80 12-26.
  • Larièpe A., Mangin B., Jasson S., Combes V., Dumas F., Jamin P., Lariagon C., Jolivot D., Madur D., Fievet J., Gallais A., Dubreuil P., Charcosset A., Moreau L. (2012) The genetic basis of heterosis: multiparental quantitative trait loci mapping reveals contrasted levels of apparent overdominance among traits of agronomical interest in maize (Zea mays L.). Genetics, 190 (2) 795-811.
  • Le Gouis J., Bordes J., Ravel C., Heumez E., Faure S., Praud S., Galic N., Remoue C., Balfourier F., Allard V., Rousset M. (2012) Genome-wide association analysis to identify chromosomal regions determining components of earliness in wheat. Theor Appl Genet, 124 (3) 597-611.
  • * Mangin B., Siberchicot A., Nicolas S., Doligez A., This P., Cierco-Ayrolles C. (2012) Novel measures of linkage disequilibrium that correct the bias due to population structure and relatedness. Heredity (Edinb), 108 (3) 285-91.
  • Mboup M., Bahri B., Leconte M., De Vallavieille-Pope C., Kaltz O., Enjalbert J. (2012) Genetic structure and local adaptation of European wheat yellow rust populations: the role of temperature-specific adaptation. Evol Appl, 5 (4) 341-352.
  • Ng C. K., Coursol S. (2012) New insights into phospholipase d and sphingosine kinase activation in Arabidopsis. Front Physiol, 3 67.
  • Nicolas S. D., Monod H., Eber F., Chevre A. M., Jenczewski E. (2012) Non-random distribution of extensive chromosome rearrangements in Brassica napus depends on genome organization. Plant J, 70 (4) 691-703.
  • Rincent R., Laloe D., Nicolas S., Altmann T., Brunel D., Revilla P., Rodriguez V. M., Moreno-Gonzalez J., Melchinger A., Bauer E., Schoen C. C., Meyer N., Giauffret C., Bauland C., Jamin P., Laborde J., Monod H., Flament P., Charcosset A., Moreau L. (2012) Maximizing the reliability of genomic selection by optimizing the calibration set of reference individuals: comparison of methods in two diverse groups of maize inbreds (Zea mays L.). Genetics, 192 (2) 715-28.
  • Sosnowski O., Charcosset A., Joets J. (2012) BioMercator V3: an upgrade of genetic map compilation and quantitative trait loci meta-analysis algorithms. Bioinformatics, 28 (15) 2082-3.
  • Thomas M., Demeulenaere E., Dawson J. C., Khan A. R., Galic N., Jouanne-Pin S., Remoue C., Bonneuil C., Goldringer I. (2012) On-farm dynamic management of genetic diversity: the impact of seed diffusions and seed saving practices on a population-variety of bread wheat. Evol Appl, 5 (8) 779-95.
  • Till-Bottraud I., Gouyon P. H., Ressayre A., Godelle B. (2012) Gametophytic vs. sporophytic control of pollen aperture number: a generational conflict. Theor Popul Biol, 82 (3) 147-57.
  • Truntzler M., Ranc N., Sawkins M. C., Nicolas S., Manicacci D., Lespinasse D., Ribiere V., Galaup P., Servant F., Muller C., Madur D., Betran J., Charcosset A., Moreau L. (2012) Diversity and linkage disequilibrium features in a composite public/private dent maize panel: consequences for association genetics as evaluated from a case study using flowering time. Theor Appl Genet, 125 (4) 731-47.
  • Vincent D., Kohler A., Claverol S., Solier E., Joets J., Gibon J., Lebrun M. H., Plomion C., Martin F. (2012) Secretome of the free-living mycelium from the ectomycorrhizal basidiomycete Laccaria bicolor. J Proteome Res, 11 (1) 157-71.
  • Zerjal T., Rousselet A., Mhiri C., Combes V., Madur D., Grandbastien M. A., Charcosset A., Tenaillon M. I. (2012) Maize genetic diversity and association mapping using transposable element insertion polymorphisms. Theor Appl Genet, 124 (8) 1521-37.

Thèses soutenues au laboratoire


Achour, Z. (2018) Réponse du méthylome suite à l’exposition au froid chez une espèce à génome complexe : le maïs (Zea mays ssp. mays). Thèse de doctorat soutenue le 15/05/18. ED Sciences du Végétal : du gène à l’écosystème, Université Paris-Saclay.

Akakpo, R. (2018) Étude de la domestication et de l’adaptation de l’igname (Dioscorea spp) en Afrique par des approches génomiques. Thèse de doctorat soutenue le 16/05/18. ED Sciences du Végétal : du gène à l’écosystème, Université Paris-Saclay.

Forst E. (2018) Développement de méthodes d'estimation de l'aptitude au mélange pour la prédiction des performances et la sélection de mélanges variétaux chez le blé tendre, et co-conception d'idéotypes de mélanges adaptés à l'agriculture biologique. Thèse de doctorat soutenue le 29/03/18. ED Science du Végétal : du gène à l’écosystème, Université Paris-Saclay.

Laporte, F. (2018) Développement de méthodes statistiques pour l’identification de gènes d’intérêt en présence d’apparentement et de dominance, application à la génétique du maïs. Thèse de doctorat soutenue le 13/03/18. ED de Mathématiques Hadamard, Université Paris-Saclay.

Lorant, A. (2018) Plasticité et adaptation génétique comme contributeurs de l'histoire Sauver évolutive du maïs cultivé et des formes sauvages apparentées. Thèse de doctorat soutenue le 23/03/18. ED Science du Végétal : du gène à l’écosystème, Université Paris-Saclay.


Lecarpentier, C. (2017) Plasticité de l'architecture aérienne du blé en réponse à la compétition pour la lumière au sein de cultures pures ou d'associations variétales : caractérisation expérimentale et développement d'un modèle 3D. Thèse de doctorat soutenue soutenue le 31/03/17. ED Science du Végétal : du gène à l’écosystème, Université Paris-Sud.


Fustier, M.-A. (2016) Adaptation locale des téosintes Zea mays ssp. parviglumis et ssp. mexicana le long de gradients altitudinaux. Thèse de doctorat soutenue le 16/06/16. ED Science du Végétal : du gène à l’écosystème, Université Paris-Sud.

Giraud, H. (2016) Genetic analysis of hybrid value for silage maize in multiparental designs: QTL detection and genomic selection. Thèse de doctorat souteneue le 22/01/16. ED ABIES, Université Paris-Sud.


Henry, A. (2015) Modélisation cinétique du métabolisme : construction du modèle, analyse et applications biotechnologiques. Thèse de doctorat soutenue en 2015. ED Frontières du Vivant, Université Paris-Diderot.

Urien, C. (2015) Diversité des espèces de levures dans des levains naturels français produits à partir de farine issue de l'agriculture biologique : une étude pilote pour analyser les pratiques boulangères et les patterns des communautés microbienne. Thèse de doctorat soutenue le 23/01/15. ED Structure et Dynamique des Systèmes Vivants, Université Paris-Sud.


da Silva, T. (2014) Exploration du phénomène d’hétérosis chez les deux espèces de levure d’œnologie, Saccharomyces cerevisiae et Saccharomyces uvarumThèse de doctorat soutenue le 11/06/14. ED Gènes, Génomes, Cellules, Université Paris-Sud.

Martinez-Palacios, P. (2014) Réponse des agents non codants du génome – éléments transposables et petits ARN – à un événement d'allopolyploïdie : le génome du colza (Brassica napus) comme modèle d'étude. Thèse de doctorat soutenue le 23/03/14. ED  Sciences du Végétal, Université Paris Sud.

Rincent R. (2014) Optimization of association genetics and genomic selection strategies for populations of different diversity levels. Application in maize (Zea mays L.). Thèse de doctorat soutenue le 11/04/14. ED ABIES, AgroParisTech.

Rivière P. (2014) Méthodologie de la sélection décentralisée et participative : un exemple sur le blé tendre.Thèse de doctorat soutenue le 15/01/14. ED  Sciences du Végétal, Université Paris Sud.

Roy, S. B. (2014) Models of meiotic crossover formation, heterogeneity and inter-pathway cross-talks. Thèse de doctorat soutenue le 31/03/14. ED Gènes, Génomes, Cellules, Université Paris Sud.

Thépot, S. (2014) Utilisation d'une population multi-parentale et hautement recombinante de blé tendre pour l'étude de l'architecture génétique de la précocité de floraison. Thèse de doctorat soutenue le 13/03/14. ED Sciences du Végétal, Université Paris Sud.


Bardol, N. (2013) Interest of dense genotyping for selection in multi-parental designs. Comparison of two marker-assisted selection approaches: Genomewide selection and QTL-LDLA based selection. Application in maize (Zea mays L.). Thèse de doctorat soutenue le. ED ABIES, Université Paris Sud.

Gonçalves, B. (2013) Origine génétique et moléculaire, et rôle adaptatif d'un dimorphisme floral chez Nigella damascena L. Thèse de doctorat soutenue le. ED SdV, Université Paris Sud.

Khan, A. R. (2013) Short term response of European wheat to contrasted agro-climatic conditions: a genetic analysis and first step towards development of epigenetic markers in earliness gene.Thèse de doctorat soutenue le. ED SdV, Université Paris Sud.

Khobragade, A. (2013) Combining linkage analysis and association genetics to finely map loci involved in maize grain production and maturation -- Cartographie fine de locus impliqués dans la production et la maturation du grain chez le maïs par une approche conjointe de linkage et de génétique d’association. Thèse de doctorat soutenue le. ED SdV, Université Paris Sud.


Larièpe, A. (2012) Bases génétiques de la vigueur hybride (hétérosis) chez le maïs (Zea mays L.) : Cartographie de QTL dans un dispositif multiparental et cartographie fine par génétique d’association. PhD thesis. ED SdV, Université Paris Sud.


Durand, E. (2011) Étude des bases (épi)génétiques de l'adaptation dans une expérience de sélection divergente pour la précocité de floraison chez le maïs. PhD thesis. ED sdv Université Paris Sud XI - Orsay.
Sarilar, V. (2011) Dynamique d'activation des éléments transposables au cours de la formation d'un génome allopolyploïde. Modèle d'étude : le colza (Brassica napus). PhD thesis. ED ABIES, AgroParisTech.
Thomas, M. (2011) Gestion dynamique à la ferme de l'agrobiodiversité : relation entre la structure des populations de blé tendre et les pratiques humaines. PhD thesis. ED Frontières du Vivant, Université Paris Diderot. pp273
Truntzler, M. (2011) Identification of loci involved in the variation of quality of silage corn: QTL meta-analysis and association mapping. PhD thesis. ED ABIES, AgroParisTech.
Virlouvet, L. (2011) Identification et caractérisation de gènes impliqués dans la variation de caractères quantitatifs affectés par la sécheresse chez le maïs. PhD thesis. ED SdV, Université Paris Sud XI - Orsay. pp 293


Corbi, J. (2010) Sélection et coévolution de gènes paralogues impliqués dans la  synthèse d'amidon au cours de la radiation des angiospermes et chez le maïs, depuis sa domestication. PhD thesis. ED SdV, Université Paris Sud XI - Orsay.
Rousselle, Y. (2010) Rôle de la migration dans le gestion dynamique des ressources génétiques végétales. PhD thesis ED SdV Université Paris Sud XI - Orsay
Sabarly, V. (2010) Structuration de la diversité métabolique chez Escherichia coli : intégration du réseau métabolique, du protéome, des paramètres enzimatiques et des phénotypes de croissance. PhD thesis. ED GGC, Université Paris Sud XI - Orsay.


Spor, A. (2009) Adaptative strategies to contrasted environments in  Saccharaomyces cerevisiae populations. PhD thesis. ED GGC, Université Paris Sud XI - Orsay.
Jabbour, F. (2009)  Homoplasie de la symétrie bilatérale chez les eudicots. Quels rôles de l’architecture florale et du développement ? Quelles bases génétiques ? PhD thesis ED SdV Université Paris Sud XI - Orsay. AgroParisTech.


Rhoné, B. (2008) Etude des mécanismes génétiques impliqués dans l’adaptation climatique de populations expérimentales de Blé tendre. PhD thesis. Institut des Sciences et Industries du Vivant et de l’Environnement - AgroParisTech.


Edelist, C. (2007) Patron de polymorphisme et signature moeculaire de l'adaptation au milieu salin de Helianthus paradoxus. PhD thesis. Université Paris Sud XI - Orsay.


Blanc, G. (2006) Sélection assistée par marqueurs (SAM) dans un dispositif multiparental connecté. Application au maïs et approche par simulations. PhD thesis. INA-PG.
Camus, L. (2006) Evolution génomique du maïs lors de son adaptation aux conditions européennes. PhD thesis. ED Biologie Intégrative.  
Coque, M. (2006) Base génétiques et physiologiques de la remobilisation et de l’absorption post-floraison de l’azote chez le maïs. PhD thesis. INA-PG, école doctorale Abies.
Veyrieras, J.-B. (2006) Etude du déterminisme génétique de caractères quantitatifs chez les végétaux – Méta-analyse et études d’association. PhD thesis. Thèse école doctorale Abies.


Albertin, W. (2005) Régulation de l’expression des gènes dupliqués chez les polyploïdes: Approche protéomique appliquée à l’analyse de Brassicacées autoployploïdes et allopolyploïdes. PhD thesis. Thèse de doctorat en sciences de l’Univ Paris-Sud XI.
Raquin, A. (2005) Evolution de la diversité microsatellite dans une population de blé tendre conduite en gestion dynamique: Effets de la mutation, de la dérive et de la sélection. PhD thesis. Ecole Doctorale GGC, Université PXI.


Chardon, F. (2004). Approche génomique de l’induction florale chez le maïs. Doctorat école doctorale ABIES.
Della-Chiesa, E. (2004). Contraintes génomiques et évolution des caracteres quantitatifs. Doctorat de Sciences de l’Université Paris Sud XI - Orsay.
Fiévet, J. (2004). Variabilité du protéome enzymatique et contrôle métabolique : vers un modèle biochimique de l'heterosis, 110 pp. Doctorat de Sciences de l’Université Paris Sud XI - Orsay.


Servin, B. (2003). Méthodes de construction de génotypes assistée par marqueurs. Thèse, Université Paris XI Orsay.
Vincent , D. (2003). Analyse protéomique de la réponse à la sécheresse sur des feuilles de maïs en fonction de la différenciation cellulaire (Orsay: Paris XI), pp. 159.


Consoli, L. (2000). Analyse de la variabilité d'expression et de structure de gènes cibles du facteur de transcription Opaque-2 chez le maïs (Zea mays L.) -Recherche d'associations avec le polymorphisme du locus O2 (Université Paris XI - Orsay), pp. 94.
Lefèvre, A. (2000). Analyse du polymorphisme du gène Opaque-2 chez le maïs (Zea mays L.) et recherche de facteurs génétiques impliqués dans la variation de son transcrit (Université Paris VI), pp. 87.
Rebourg, C. (2000). Diversité génétique de populations européennes et américaines de maïs : analyse moléculaire et morphologique (Université Paris XI - Orsay).


Bost, B. (1999). Analyse de la distribution des effets des gènes dans le cadre d'un modèle métabolique de la variation quantitative (Institut National Agronomique Paris-Grignon), pp. 183.
Enjalbert, J. (1999). Diversité génétique et régime de reproduction de populations de blé tendre ( Triticum aestivum L.) menées en gestion dynamique (Institut National Agronomique Paris-Grignon).
Paillard, S. (1999). Evolution des résistances à différentes maladies dans des populations de blé tendre ( Triticum aestivum L.) menées en gestion dynamique (Institut National Agronomique Paris-Grignon).


Moreau, L. (1998). Contribution méthodologique et expérimentale à la Sélection Assistée par Marqueurs. Application au maïs (Institut National Agronomique Paris-Grignon), pp. 254.
Riccardi, F. (1998). Protéines affectées par la contrainte hydrique chez le maïs (Zea mays L.) : variations quantitatives et identifications (Université Paris XI - Orsay), pp. 96.


Bertin, P. (1997). Bases génétiques et physiologiques de la valorisation de la fumure azotée chez le maïs (Université Paris XI - Orsay).
Pelleschi, S. (1997). Recherche de locus à effets quantitatifs liés au métabolisme glucidique au cours d'une contrainte hydrique chez le maïs (Zea mays L.) (Université Paris XI - Orsay), pp. 162.


Bulant-Robert, C. (1996). Contribution à l'étude de l'effet du pollen sur le développement des grains de maïs (Zea mays L.). Conséquences agronomiques (Université Paris XI - Orsay).
Dubreuil, P. (1996). Etude de l'apport des marqueurs RFLP pour l'analyse de la diversité génétique et sa structuration chez le maïs. Relations avec les caractéristiques agronomiques de populations naturelles (Université Paris XI - Orsay).
Gazeau, P. (1996). Variabilité de la réponse à la contrainte hydrique chez le maïs (Zea mays L.) appréciée par électrophorèse bidimensionnelle des protéines (Université Paris XI - Orsay), pp. 102.
Henry, A.-M. (1996). Caractérisation de gènes impliqués dans la variation de caractères quantitatifs chez le maïs (Zea mays L.) : analyse du rôle potentiel de gènes codant pour des facteurs de transcription, et particulièrement du gène Opaque-2 (Université Paris XI - Orsay).


Barré, M. (1995). Diversité génétique du genre Tripsacum, et évolution des complexes agamiques (Institut National Agronomique Paris-Grignon).
Henneschard-Morin, C. (1995). Caractérisation de variants alléliques révélés par électrophorèse bidimensionnelle chez le maïs. In Biochimie industrielle et agro-alimentaire (Paris: C.N.A.M.).
Touzet, P. (1995). Apport de l'électrophorèse bidimensionnelle de protéines dans l'analyse du génome de Zea mays (Institut National Agronomique Paris-Grignon), pp. 82.


Burstin, J. (1994). Comparaison de différents critères moléculaires pour l'analyse de la diversité génétique chez le maïs : application à la prédiction de l'hétérosis (Paris: Institut National Agronomique Paris-Grignon), pp. 86.
Le Boulc'h, V. (1994). Evolution de la résistance à l'oïdium (Erysiphe graminis f. sp. tritici) dans des populations composites de blé tendre (Triticum aestivum L.) menées en gestion dynamique (Université Paris XI - Orsay).
Maurice, A. (1994). Utilisation des marqueurs moléculaires pour l'analyse du déterminisme génétique des caractères complexes et l'optimisation des schémas de sélection chez le maïs (Zea mays L.) (Institut National Agronomique Paris-Grignon), pp. 149.


Goldringer, I. (1993). Optimisation d'un schéma de sélection récurrente à cycle court appliqué au blé tendre d'hiver (Triticum aestivum L.) (Institut National Agronomique Paris-Grignon).
Veillet, S. (1993). Organisation de la variabilité génétique et sélection récurrente chez le riz (Oryza sativa L.) (Institut National Agronomique Paris-Grignon).


Bencheikh, M. (1992). Contribution à l'étude des bases génétiques de l'aptitude à l'embryogenèse somatique chez le pois (Institut National Agronomique Paris-Grignon).
David, J. (1992). Approche méthodologique d'une gestion dynamique des ressources génétiques chez le blé tendre (Triticum aestivum L.) (Institut National Agronomique Paris-Grignon).
Dillmann, C. (1992). Organisation de la variabilité génétique chez les plantes : modélisation des effets d'interaction, conséquences pour la réponse à la sélection (Institut National Agronomique Paris-Grignon), pp. 131.
El Madidi, S. (1992). Etude de l'expression et de la variabilité génétique des protéines de choc thermique chez le blé (Université Paris XI - Orsay).
Forgeois, P. (1992). Etude de quelques conditions nécessaires à la transformation génétique du blé (Université Paris XI - Orsay).
Garnier-Géré, P. (1992). Contribution à l'étude de la variabilité génétique inter- et intra-population chez le maïs (Zea mays L.) : valorisation d'informations agromorphologiques et enzymatiques (Institut National Agronomique Paris-Grignon).
Gerber, S. (1992). Variabilité des protéines de l'endosperme du pin maritime révélée par électrophorèse bidimensionnelle : interprétations génétiques, cartographie et relation avec des caractères quantitatifs (Institut National Agronomique Paris-Grignon).
Josse, J.-M. (1992). Cartographie génétique de locus affectant des caractères agromorphologiques et liés à l'expression protéique chez le maïs (Zea mays L.) (Université Paris XI - Orsay).
Martin, N. (1992). Investigations sur la transformation du blé (Université Paris XI - Orsay).
Mihamou-Ziyyat, A. (1992). 1- Réaction aux températures élevées du blé tendre (Triticum aestivum L.) au cours de l'androgenèse in vitro et conséquences sur la physiologie des plantes régénérées. 2- Recherche sur les méthodes de production d'haploïdes doublés de blé dur (Triticum durum Desf.) (Université Paris XI - Orsay).
Parisot-Baril, C. (1992). Etude de la stabilité du rendement chez le blé tendre d'hiver Triticum aestivum L. Thell. (Institut National Agronomique Paris-Grignon).
Pham, J.-L. (1992). Evaluation des ressources génétiques des riz cultivés en Afrique par hybridation intra- et interspécifique (Université Paris XI - Orsay).
Pontis, C. (1992). Utilisation de marqueurs génétiques pour le suivi de la variabilité de 3 composites de blé tendre d'hiver (Triticum aestivum L.) menées en gestion dynamique (Institut National Agronomique Paris-Grignon).
Reviron, M.-P. (1992). Caractérisation d'une protéine induite par la contrainte hydrique chez Brassica napus var. oleifera L. (colza) (Université Paris VI), pp. 178.


Bernhart, M.-P. (1991). Contribution à la méthodologie d'introgression chez Zea mays L. : apports de la génétique quantitative et des marqueurs isoenzymatiques (Université Paris XI - Orsay).
Dirlewanger, E. (1991). Recherche de marqueurs moléculaires liés à des gènes de résistance à quatre maladies du pois (Pisum sativum L.) : fusariose, oïdium, anthracnose et mosaïque commune du pois (Université Paris XI - Orsay), pp. 113.


Charcosset, A. (1990). Etude de l'hétérosis chez le maïs (Zea mays L.) : prédiction de la valeur d'hybrides F1 sur la base d'informations agronomiques, biochimiques et moléculaires (Institut National Agronomique Paris-Grignon).
Seguin, M. (1990). Etude de l'hétérozygotie chez le blé tendre par électrophorèse bidimensionnelle des protéines totales et relation avec des caractères agronomiques (Université Paris XI - Orsay), pp. 175.
Senghor, P.T. (1990). Etude de méthodes d'obtention de lignées homozygotes : I. Androgenèse in vitro sur le riz (Oryza sativa L.) : amélioration du rendement par traitement au gamétocide. II. Analyse de la variabilité génétique de deux populations de blé tendre (Triticum aestivum L.) dérivées par haplodiploïdisation in vitro et filiation unipare (Université Paris XI - Orsay).

  • Agrawal G. K., Job D., Zivy M., Agrawal V. P., Bradshaw R. A., Dunn M. J., Haynes P. A., van Wijk K. J., Kikuchi S., Renaut J., Weckwerth W., Rakwal R. (2011) Time to articulate a vision for the future of plant proteomics - A global perspective: An initiative for establishing the International Plant Proteomics Organization (INPPO). Proteomics, 11 (9) 1559-68.
  • Albert B., Raquin C., Prigent M., Nadot S., Brisset F., Yang M., Ressayre A. (2011) Successive microsporogenesis affects pollen aperture pattern in the tam mutant of Arabidopsis thaliana. Ann Bot, 107 (8) 1421-6.
  • Albert B., Ressayre A., Nadot S. (2011) Correlation between pollen aperture pattern and callose deposition in late tetrad stage in three species producing atypical pollen grains. Am J Bot, 98 (2) 189-96.
  • Albertin W., Marullo P., Aigle M., Dillmann C., de Vienne D., Bely M., Sicard D. (2011) Population size drives industrial Saccharomyces cerevisiae alcoholic fermentation and is under genetic control. Appl Environ Microbiol, 77 (8) 2772-84.
  • Ali S., Gautier A., Leconte M., Enjalbert J., de Vallavieille-Pope C. (2011) A rapid genotyping method for an obligate fungal pathogen, Puccinia striiformis f.sp. tritici, based on DNA extraction from infected leaf and Multiplex PCR genotyping. BMC Res Notes, 4 240.
  • Bahri B., Shah S., Hussain S., Leconte M., Enjalbert J., de Vallavieille C. (2011) Genetic diversity of wheat yellow rust in Pakistan and its relation with host resistance. Plant Pathol, 60 (4) 649-660.
  • Becker A., Alix K., Damerval C. (2011) The evolution of flower development: current understanding and future challenges. Ann Bot, 107 (9) 1427-31.
  • Bienvenut W. V., Espagne C., Martinez A., Majeran W., Valot B., Zivy M., Vallon O., Adam Z., Meinnel T., Giglione C. (2011) Dynamics of post-translational modifications and protein stability in the stroma of Chlamydomonas reinhardtii chloroplasts. Proteomics, 11 (9) 1734-50.
  • Burda Z., Krzywicki A., Martin O. C., Zagorski M. (2011) Motifs emerge from function in model gene regulatory networks. Proc Natl Acad Sci U S A, 108 (42) 17263-8.
  • Corbi J., Debieu M., Rousselet A., Montalent P., Le Guilloux M., Manicacci D., Tenaillon M. I. (2011) Contrasted patterns of selection since maize domestication on duplicated genes encoding a starch pathway enzyme. Theor Appl Genet, 122 (4) 705-22.
  • Dawson J. C., Rivière P., Berthellot J.-F., Mercier F., de Kochko P., Galic N., Pin S., Serpolay E., Thomas M., Giuliano S., Goldringer I. (2011) Collaborative Plant Breeding for Organic Agricultural Systems in Developed Countries. Sustainability, 3 (8) 1206-1223.
  • * Dereeper A., Nicolas S., Le Cunff L., Bacilieri R., Doligez A., Peros J. P., Ruiz M., This P. (2011) SNiPlay: a web-based tool for detection, management and analysis of SNPs. Application to grapevine diversity projects. BMC Bioinformatics, 12 134.
  • Dumont E., Bahrman N., Goulas E., Valot B., Sellier H., Hilbert J. L., Vuylsteker C., Lejeune-Henaut I., Delbreil B. (2011) A proteomic approach to decipher chilling response from cold acclimation in pea (Pisum sativum L.). Plant Sci, 180 (1) 86-98.
  • Enjalbert J., Dawson J. C., Paillard S., Rhone B., Rousselle Y., Thomas M., Goldringer I. (2011) Dynamic management of crop diversity: From an experimental approach to on-farm conservation. C R Biol, 334 (5-6) 458-68.
  • Espinosa-Soto C., Martin O. C., Wagner A. (2011) Phenotypic robustness can increase phenotypic variability after nongenetic perturbations in gene regulatory circuits. J Evol Biol, 24 (6) 1284-97.
  • Espinosa-Soto C., Martin O. C., Wagner A. (2011) Phenotypic plasticity can facilitate adaptive evolution in gene regulatory circuits. BMC Evol Biol, 11 5.
  • Ganal M. W., Durstewitz G., Polley A., Berard A., Buckler E. S., Charcosset A., Clarke J. D., Graner E. M., Hansen M., Joets J., Le Paslier M. C., McMullen M. D., Montalent P., Rose M., Schon C. C., Sun Q., Walter H., Martin O. C., Falque M. (2011) A large maize (Zea mays L.) SNP genotyping array: development and germplasm genotyping, and genetic mapping to compare with the B73 reference genome. PLoS One, 6 (12) e28334.
  • Gauthier F., Martin O. C., Falque M. (2011) CODA (crossover distribution analyzer): quantitative characterization of crossover position patterns along chromosomes. BMC Bioinformatics, 12 27.
  • Gervais C. E., Castric V., Ressayre A., Billiard S. (2011) Origin and diversification dynamics of self-incompatibility haplotypes. Genetics, 188 (3) 625-36.
  • Giraut L., Falque M., Drouaud J., Pereira L., Martin O. C., Mezard C. (2011) Genome-wide crossover distribution in Arabidopsis thaliana meiosis reveals sex-specific patterns along chromosomes. PLoS Genet, 7 (11) e1002354.
  • Hasson A., Plessis A., Blein T., Adroher B., Grigg S., Tsiantis M., Boudaoud A., Damerval C., Laufs P. (2011) Evolution and diverse roles of the CUP-SHAPED COTYLEDON genes in Arabidopsis leaf development. Plant Cell, 23 (1) 54-68.
  • Jolivet P., Boulard C., Bellamy A., Valot B., d'Andrea S., Zivy M., Nesi N., Chardot T. (2011) Oil body proteins sequentially accumulate throughout seed development in Brassica napus. J Plant Physiol, 168 (17) 2015-20.
  • Kalunke R. M., Janni M., Sella L., David P., Geffroy V., Favaron F., D'Ovidio R. (2011) Transcript analysis of the bean polygalacturonase inhibiting protein gene family reveals that Pvpgip2 is expressed in the whole plant and is strongly induced by pathogen infection. J Plant Pathol, 93 (1) 141-148.
  • Ligat L., Lauber E., Albenne C., San Clemente H., Valot B., Zivy M., Pont-Lezica R., Arlat M., Jamet E. (2011) Analysis of the xylem sap proteome of Brassica oleracea reveals a high content in secreted proteins. Proteomics, 11 (9) 1798-813.
  • Manaa A., Ben Ahmed H., Valot B., Bouchet J. P., Aschi-Smiti S., Causse M., Faurobert M. (2011) Salt and genotype impact on plant physiology and root proteome variations in tomato. J Exp Bot, 62 (8) 2797-813.
  • Martin O. C., Hospital F. (2011) Distribution of parental genome blocks in recombinant inbred lines. Genetics, 189 (2) 645-54.
  • Mezmouk S., Dubreuil P., Bosio M., Decousset L., Charcosset A., Praud S., Mangin B. (2011) Effect of population structure corrections on the results of association mapping tests in complex maize diversity panels. Theor Appl Genet, 122 (6) 1149-60.
  • Muyle A., Serres-Giardi L., Ressayre A., Escobar J., Glemin S. (2011) GC-biased gene conversion and selection affect GC content in the Oryza genus (rice). Mol Biol Evol, 28 (9) 2695-706.
  • Rousselle Y., Thomas M., Galic N., Bonnin I., Goldringer I. (2011) Inbreeding depression and low between-population heterosis in recently diverged experimental populations of a selfing species. Heredity (Edinb), 106 (2) 289-99.
  • Rousset M., Bonnin I., Remoue C., Falque M., Rhone B., Veyrieras J. B., Madur D., Murigneux A., Balfourier F., Le Gouis J., Santoni S., Goldringer I. (2011) Deciphering the genetics of flowering time by an association study on candidate genes in bread wheat (Triticum aestivum L.). Theor Appl Genet, 123 (6) 907-26.
  • Sabarly V., Bouvet O., Glodt J., Clermont O., Skurnik D., Diancourt L., de Vienne D., Denamur E., Dillmann C. (2011) The decoupling between genetic structure and metabolic phenotypes in Escherichia coli leads to continuous phenotypic diversity. J Evol Biol, 24 (7) 1559-71.
  • Samal A., Martin O. C. (2011) Randomizing genome-scale metabolic networks. PLoS One, 6 (7) e22295.
  • Samal A., Wagner A., Martin O. C. (2011) Environmental versatility promotes modularity in genome-scale metabolic networks. BMC Syst Biol, 5 135.
  • Sarilar V., Marmagne A., Brabant P., Joets J., Alix K. (2011) BraSto, a Stowaway MITE from Brassica: recently active copies preferentially accumulate in the gene space. Plant Mol Biol, 77 (1-2) 59-75.
  • Serpolay E., Dawson J. C., Chable V., Lammerts Van Bueren E., Osman A., Pino S., Silveri D., Goldringer I. (2011) Diversity of different farmer and modern wheat varieties cultivated in contrasting organic farming conditions in western Europe and implications for European seed and variety legislation. Org Agr, 1 (3) 127-145.
  • Serpolay E., Schermann N., Dawson J., Lammerts van Bueren E. T., Isabelle Goldringer I., Chable V. (2011) Phenotypic Changes in Different Spinach Varieties Grown and Selected under Organic Conditions. Sustainability, 3 (9) 1616-1636.
  • Sicard D., Legras J. L. (2011) Bread, beer and wine: yeast domestication in the Saccharomyces sensu stricto complex. C R Biol, 334 (3) 229-36.
  • Tenaillon M. I., Charcosset A. (2011) A European perspective on maize history. C R Biol, 334 (3) 221-8.
  • Tenaillon M. I., Hufford M. B., Gaut B. S., Ross-Ibarra J. (2011) Genome size and transposable element content as determined by high-throughput sequencing in maize and Zea luxurians. Genome Biol Evol, 3 219-29.
  • Thomas M., Dawson J. C., Goldringer I., Bonneuil C. (2011) Seed exchanges, a key to analyze crop diversity dynamics in farmer-led on-farm conservation. Genet Resour Crop Evol, 58 (3) 321-338.
  • Valot B., Langella O., Nano E., Zivy M. (2011) MassChroQ: a versatile tool for mass spectrometry quantification. Proteomics, 11 (17) 3572-7.
  • Virlouvet L., Jacquemot M. P., Gerentes D., Corti H., Bouton S., Gilard F., Valot B., Trouverie J., Tcherkez G., Falque M., Damerval C., Rogowsky P., Perez P., Noctor G., Zivy M., Coursol S. (2011) The ZmASR1 protein influences branched-chain amino acid biosynthesis and maintains kernel yield in maize under water-limited conditions. Plant Physiol, 157 (2) 917-36.
  • Wang S., Spor A., Nidelet T., Montalent P., Dillmann C., de Vienne D., Sicard D. (2011) Switch between life history strategies due to changes in glycolytic enzyme gene dosage in Saccharomyces cerevisiae. Appl Environ Microbiol, 77 (2) 452-9.
  • Warburton M., Wilkes G., Taba S., Charcosset A., Mir C., Dumas F., Madur D., Dreisigacker S., Bedoya C., Prasanna B., Xie C., Hearne S., Franco J. (2011) Gene flow among different teosinte taxa and into the domesticated maize gene pool. Genet Resour Crop Ev, 57 (8) 1243-1261.
  • Welcker C., Sadok W., Dignat G., Renault M., Salvi S., Charcosset A., Tardieu F. (2011) A common genetic determinism for sensitivities to soil water deficit and evaporative demand: meta-analysis of quantitative trait Loci and introgression lines of maize. Plant Physiol, 157 (2) 718-29.
  • Zhang Y., Giboulot A., Zivy M., Valot B., Jamet E., Albenne C. (2011) Combining various strategies to increase the coverage of the plant cell wall glycoproteome. Phytochemistry, 72 (10) 1109-23.
  • *Burda Z., Krzywicki A., Martin O. C., Zagorski M. (2010) Distribution of essential interactions in model gene regulatory networks under mutation-selection balance. Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys, 82 (1 Pt 1) 011908.
  • Albert B., Nadot S., Dreyer L., Ressayre A. (2010) The influence of tetrad shape and intersporal callose wall formation on pollen aperture pattern ontogeny in two eudicot species. Ann Bot, 106 (4) 557-64.
  • Ali S., Leconte M., Walker A. S., Enjalbert J., de Vallavieille-Pope C. (2010) Reduction in the sex ability of worldwide clonal populations of Puccinia striiformis f.sp. tritici. Fungal Genet Biol, 47 (10) 828-38.
  • Barriere Y., Charcosset A., Denoue D., Madur D., Bauland C., Laborde J. (2010) Genetic variation for lignin content and cell wall digestibility in early maize lines derived from ancient landraces. Maydica, 55 (1) 65-74.
  • Barriere Y., Mechin V., Denoue D., Bauland C., Laborde J. (2010) QTL for Yield, Earliness, and Cell Wall Quality Traits in Topcross Experiments of the F838 x F286 Early Maize RIL Progeny. Crop Sci, 50 (5) 1761-1772.
  • Bourguignon P. Y., Samal A., Kepes F., Jost J., Martin O. C. (2010) Challenges in experimental data integration within genome-scale metabolic models. Algorithms Mol Biol, 5 20.
  • Capelle V., Remoue C., Moreau L., Reyss A., Mahe A., Massonneau A., Falque M., Charcosset A., Thevenot C., Rogowsky P., Coursol S., Prioul J. L. (2010) QTLs and candidate genes for desiccation and abscisic acid content in maize kernels. BMC Plant Biol, 10 2.
  • Cassan L., Moreau L., Segouin S., Bellamy A., Falque M., Limami A. M. (2010) Genetic map construction and quantitative trait loci (QTL) mapping for nitrogen use efficiency and its relationship with productivity and quality of the biennial crop Belgian endive (Cichorium intybus L.). J Plant Physiol, 167 (15) 1253-63.
  • Chen N. W., Sevignac M., Thareau V., Magdelenat G., David P., Ashfield T., Innes R. W., Geffroy V. (2010) Specific resistances against Pseudomonas syringae effectors AvrB and AvrRpm1 have evolved differently in common bean (Phaseolus vulgaris), soybean (Glycine max), and Arabidopsis thaliana. New Phytol, 187 (4) 941-56.
  • Crozet P., Jammes F., Valot B., Ambard-Bretteville F., Nessler S., Hodges M., Vidal J., Thomas M. (2010) Cross-phosphorylation between Arabidopsis thaliana sucrose nonfermenting 1-related protein kinase 1 (AtSnRK1) and its activating kinase (AtSnAK) determines their catalytic activities. J Biol Chem, 285 (16) 12071-7.
  • Daher Z., Recorbet G., Valot B., Robert F., Balliau T., Potin S., Schoefs B., Dumas-Gaudot E. (2010) Proteomic analysis of Medicago truncatula root plastids. Proteomics, 10 (11) 2123-37.
  • David P., des Francs-Small C. C., Sevignac M., Thareau V., Macadre C., Langin T., Geffroy V. (2010) Three highly similar formate dehydrogenase genes located in the vicinity of the B4 resistance gene cluster are differentially expressed under biotic and abiotic stresses in Phaseolus vulgaris. Theor Appl Genet, 121 (1) 87-103.
  • Duan X., Tellier A., Wan A., Leconte M., de Vallavieille-Pope C., Enjalbert J. (2010) Puccinia striiformis f.sp. tritici presents high diversity and recombination in the over-summering zone of Gansu, China. Mycologia, 102 (1) 44-53.
  • Durand E., Tenaillon M. I., Ridel C., Coubriche D., Jamin P., Jouanne S., Ressayre A., Charcosset A., Dillmann C. (2010) Standing variation and new mutations both contribute to a fast response to selection for flowering time in maize inbreds. BMC Evol Biol, 10 2.
  • Feria Bourrellier A. B., Valot B., Guillot A., Ambard-Bretteville F., Vidal J., Hodges M. (2010) Chloroplast acetyl-CoA carboxylase activity is 2-oxoglutarate-regulated by interaction of PII with the biotin carboxyl carrier subunit. Proc Natl Acad Sci U S A, 107 (1) 502-7.
  • Fievet J. B., Dillmann C., de Vienne D. (2010) Systemic properties of metabolic networks lead to an epistasis-based model for heterosis. Theor Appl Genet, 120 (2) 463-73.
  • Fonseca A., Ferreira J., dos Santos T. R., Mosiolek M., Bellucci E., Kami J., Gepts P., Geffroy V., Schweizer D., dos Santos K. G., Pedrosa-Harand A. (2010) Cytogenetic map of common bean (Phaseolus vulgaris L.). Chromosome Res, 18 (4) 487-502.
  • Hoogland C., O'Gorman M., Bogard P., Gibson F., Berth M., Cockell S. J., Ekefjard A., Forsstrom-Olsson O., Kapferer A., Nilsson M., Martinez-Bartolome S., Albar J. P., Echevarria-Zomeno S., Martinez-Gomariz M., Joets J., Binz P. A., Taylor C. F., Dowsey A., Jones A. R. (2010) Guidelines for reporting the use of gel image informatics in proteomics. Nat Biotechnol, 28 (7) 655-6.
  • Huang Y. F., Madur D., Combes V., Ky C. L., Coubriche D., Jamin P., Jouanne S., Dumas F., Bouty E., Bertin P., Charcosset A., Moreau L. (2010) The genetic architecture of grain yield and related traits in Zea maize L. revealed by comparing intermated and conventional populations. Genetics, 186 (1) 395-404.
  • Junier I., Martin O. C., Kepes F. (2010) Spatial and topological organization of DNA chains induced by gene co-localization. PLoS Comput Biol, 6 (2) e1000678.
  • Levert M., Zamfir O., Clermont O., Bouvet O., Lespinats S., Hipeaux M. C., Branger C., Picard B., Saint-Ruf C., Norel F., Balliau T., Zivy M., Le Nagard H., Cruveiller S., Chane-Woon-Ming B., Nilsson S., Gudelj I., Phan K., Ferenci T., Tenaillon O., Denamur E. (2010) Molecular and evolutionary bases of within-patient genotypic and phenotypic diversity in Escherichia coli extraintestinal infections. PLoS Pathog, 6 (9) e1001125.
  • Marmagne A., Brabant P., Thiellement H., Alix K. (2010) Analysis of gene expression in resynthesized Brassica napus allotetraploids: transcriptional changes do not explain differential protein regulation. New Phytol, 186 (1) 216-27.
  • Montalent P., Joets J. (2010) EuGene-maize: a web site for maize gene prediction. Bioinformatics, 26 (9) 1254-5.
  • Page D., Gouble B., Valot B., Bouchet J. P., Callot C., Kretzschmar A., Causse M., Renard C. M., Faurobert M. (2010) Protective proteins are differentially expressed in tomato genotypes differing for their tolerance to low-temperature storage. Planta, 232 (2) 483-500.
  • Parisod C., Alix K., Just J., Petit M., Sarilar V., Mhiri C., Ainouche M., Chalhoub B., Grandbastien M. A. (2010) Impact of transposable elements on the organization and function of allopolyploid genomes. New Phytol, 186 (1) 37-45.
  • Recorbet G., Valot B., Robert F., Gianinazzi-Pearson V., Dumas-Gaudot E. (2010) Identification of in planta-expressed arbuscular mycorrhizal fungal proteins upon comparison of the root proteomes of Medicago truncatula colonised with two Glomus species. Fungal Genet Biol, 47 (7) 608-18.
  • Rhoné B., Vitalis R., Goldringer I., Bonnin I. (2010) Evolution of flowering time in experimental wheat populations: a comprehensive approach to detect genetic signatures of natural selection. Evolution, 64 (7) 2110-25.
  • Samal A., Matias Rodrigues J. F., Jost J., Martin O. C., Wagner A. (2010) Genotype networks in metabolic reaction spaces. BMC Syst Biol, 4 30.
  • Santure A. W., Ewen J. G., Sicard D., Roff D. A., Moller A. P. (2010) Population structure in the barn swallow, Hirundo rustica: a comparison between neutral DNA markers and quantitative traits. Biol J Linn Soc, 99 (2) 306-314.
  • Sirichandra C., Davanture M., Turk B. E., Zivy M., Valot B., Leung J., Merlot S. (2010) The Arabidopsis ABA-activated kinase OST1 phosphorylates the bZIP transcription factor ABF3 and creates a 14-3-3 binding site involved in its turnover. PLoS One, 5 (11) e13935.
  • Spor A., Dillmann C., Wang S., de Vienne D., Sicard D., Parent E. (2010) Hierarchical Bayesian Modelling for Saccharomyces cerevisiae population dynamics. Int J Food Microbiol, 142 (1-2) 25-35.
  • Storlazzi A., Gargano S., Ruprich-Robert G., Falque M., David M., Kleckner N., Zickler D. (2010) Recombination proteins mediate meiotic spatial chromosome organization and pairing. Cell, 141 (1) 94-106.
  • Tenaillon M. I., Hollister J. D., Gaut B. S. (2010) A triptych of the evolution of plant transposable elements. Trends Plant Sci, 15 (8) 471-8.
  • Truntzler M., Barrière Y., Sawkins M. C., Lespinasse D., Betran J., Charcosset A., Moreau L. (2010) Meta-analysis of QTL involved in silage quality of maize and comparison with the position of candidate genes. Theor Appl Genet, 121 (8) 1465-82.
  • Vlad F., Droillard M. J., Valot B., Khafif M., Rodrigues A., Brault M., Zivy M., Rodriguez P. L., Merlot S., Lauriere C. (2010) Phospho-site mapping, genetic and in planta activation studies reveal key aspects of the different phosphorylation mechanisms involved in activation of SnRK2s. Plant J, 63 (5) 778-90.

Page 2 sur 4